easyRNASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.easyRNASeq

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅easyRNASeq。

数为RNA-Seq数据汇总和规范化

Bioconductor版本:3.10

计算的覆盖率对基因组高通量short-reads参考和总结每特性感兴趣(如外显子、基因、成绩单)。数据规范化的“RPKM”或“DESeq”或“刨边机”包。

作者:尼古拉•Delhomme Ismael Padioleau巴斯蒂安·Schiffthaler Niklas Maehler

维修工:尼古拉斯Delhomme < nicolas.delhomme在umu.se >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“easyRNASeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“easyRNASeq”)

HTML	R脚本	geneNetworkR
PDF	R脚本	R / Bioconductor高通量序列分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,遗传学,ImmunoOncology,预处理,RNASeq,软件
版本	2.22.2
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	Biobase(> = 2.44.0),BiocFileCache(> = 1.7.10),BiocGenerics(> = 0.30.0),BiocParallel(> = 1.18.1),biomaRt(> = 2.40.5),Biostrings(> = 2.52.0),DESeq(> = 1.36.0),刨边机(> = 3.26.8),GenomeInfoDb(> = 1.20.0),genomeIntervals(> = 1.40.0),GenomicAlignments(> = 1.20.1),GenomicRanges(> = 1.36.1),SummarizedExperiment(> = 1.14.1)、图形IRanges(> = 2.18.3),迷幻药(> = 4.0),locfit、方法、并行rappdirs(> = 0.3.1),Rsamtools(> = 2.0.3),S4Vectors(> = 0.22.1),ShortRead(> = 1.42.0),跑龙套
链接
建议	BiocStyle(> = 2.12.0),BSgenome(> = 1.52.0),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.4.0),旋度,knitr,rmarkdown,RUnit(> = 0.4.32)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	msgbsR
建议我	SeqGSEA
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	easyRNASeq_2.22.2.tar.gz
Windows二进制	easyRNASeq_2.22.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	easyRNASeq_2.22.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/easyRNASeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ easyRNASeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/easyRNASeq/
包下载报告	下载数据