定量给料器

DOI:10.18129 / B9.bioc.doseR

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅定量给料器。

定量给料器

Bioconductor版本:3.10

定量给料器包是性染色体的下一代测序计划剂量补偿,可以广泛应用于检测基因表达的变化在任意数量的预定义的位点组。基因表达定量给料器是一个微分包计数数据,检测表达多个方向变化,基因的特定子集,广泛实用程序在系统生物学的研究。剂量仪已经准备管理数据的性质和所需的推论。定量给料器使用S4类来存储从测序实验统计数据。它包含功能正常化和过滤器计数数据,以及绘制和计算统计计数数据。它包含一个计数数据的线性建模框架。包已经使用真实和模拟数据进行了测试。

作者:小AJ Vaestermark沃尔特。

维护人员:ake。vastermark < ake。在gmail.com vastermark >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“定量给料器”)

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文档

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browseVignettes(“定量给料器”)

HTML	R脚本	定量给料器
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation,DifferentialExpression,GeneExpression,基础设施,测序,软件,SystemsBiology
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(1年)
许可证	GPL
取决于	R (> = 3.6)
进口	刨边机、方法、数据、图形、matrixStats,mclust,lme4,RUnit,SummarizedExperiment,消化,S4Vectors
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	doseR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	doseR_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	doseR_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/doseR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/剂量仪
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/doseR/
包下载报告	下载数据