doppelgangR

DOI:10.18129 / B9.bioc.doppelgangR

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见doppelgangR．

从基因组或元数据中识别可能的重复样本

Bioconductor版本:3.10

主要函数是doppelgangR()，它接受ExpressionSet对象的列表作为最小输入，并搜索所有列表对以寻找重复的样本。搜索基于基因组数据(exprs(eset))、表型/临床数据(pData(eset))和“确凿的证据”——在pData(eset)中发现的据称是唯一的标识符。

作者:Levi Waldron [aut, cre]， Markus Reister [aut, ctb]， Marcel Ramos [ctb]

维护者:Levi Waldron 上搜索

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“doppelgangR”)

超文本标记语言	R脚本	doppelgangR装饰图案
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文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，ImmunoOncology，微阵列，质量控制，RNASeq，软件
版本	1.14.0
在Bioconductor公司	BioC 3.3 (R-3.3)(四年)
许可证	GPL (> = 2.0)
取决于	R (>= 3.5.0)，Biobase，BiocParallel
进口	股东价值分析，嫁祸于，消化，mnormt，方法，grDevices，图形，统计，SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，curatedOvarianData，ROCR，pROC(> = 1.15.0),RUnit，simulatorZ，代理
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lwaldron/doppelgangR
BugReports	https://github.com/lwaldron/doppelgangR/issues
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	doppelgangR_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	doppelgangR_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	doppelgangR_1.14.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/doppelgangR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/doppelgangR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/doppelgangR/
软件包下载报告	下载数据