doppelgangR

DOI:10.18129 / B9.bioc.doppelgangR

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见doppelgangR

从基因组或元数据中识别可能的重复样本

Bioconductor版本:3.10

主要函数是doppelgangR(),它接受ExpressionSet对象的列表作为最小输入,并搜索所有列表对以寻找重复的样本。搜索基于基因组数据(exprs(eset))、表型/临床数据(pData(eset))和“确凿的证据”——在pData(eset)中发现的据称是唯一的标识符。

作者:Levi Waldron [aut, cre], Markus Reister [aut, ctb], Marcel Ramos [ctb]

维护者:Levi Waldron 上搜索

引用(从R中,输入引用(“doppelgangR”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“doppelgangR”)

超文本标记语言 R脚本 doppelgangR装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneExpressionImmunoOncology微阵列质量控制RNASeq软件
版本 1.14.0
在Bioconductor公司 BioC 3.3 (R-3.3)(四年)
许可证 GPL (> = 2.0)
取决于 R (>= 3.5.0),BiobaseBiocParallel
进口 股东价值分析嫁祸于消化mnormt,方法,grDevices,图形,统计,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdowncuratedOvarianDataROCRpROC(> = 1.15.0),RUnitsimulatorZ代理
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/lwaldron/doppelgangR
BugReports https://github.com/lwaldron/doppelgangR/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包 doppelgangR_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 doppelgangR_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) doppelgangR_1.14.0.tgz
源库 git clone https://git.bioconductor.org/packages/doppelgangR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/doppelgangR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/doppelgangR/
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