diffcyt

DOI:10.18129 / B9.bioc.diffcyt

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅diffcyt

通过高分辨率的集群在高维微分发现血细胞计数

Bioconductor版本:3.10

统计方法在高维微分分析发现血细胞计数数据(包括流式细胞仪、血细胞计数质量或CyTOF, oligonucleotide-tagged血细胞计数),基于高分辨率的结合集群和经验贝叶斯主持测试改编自转录组。

作者:卢卡斯·m·韦伯(aut (cre)

维护人员:卢卡斯·m·韦伯在gmail.com < lukas.weber.edu >

从内部引用(R,回车引用(“diffcyt”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“diffcyt”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“diffcyt”)

HTML R脚本 diffcyt工作流
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews CellBasedAssays,CellBiology,聚类,FeatureExtraction,FlowCytometry,ImmunoOncology,蛋白质组学,SingleCell,软件
版本 1.6.6
Bioconductor自 BioC 3.7 (r - 3.5)(2年)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于 R (> = 3.4.0)
进口 flowCore,FlowSOM,SummarizedExperiment,S4Vectors,limma,刨边机,lme4,multcomp,dplyr,tidyr,reshape2,magrittr、数据、方法、跑龙套,grDevices图形,ComplexHeatmap,circlize、网格
链接
建议 BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,HDCytoData,催化剂
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/lmweber/diffcyt
BugReports https://github.com/lmweber/diffcyt/issues
取决于我 cytofWorkflow
进口我
建议我 催化剂,HDCytoData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 diffcyt_1.6.6.tar.gz
Windows二进制 diffcyt_1.6.6.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) diffcyt_1.6.6.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffcyt
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ diffcyt
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/diffcyt/
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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
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