diffHic

DOI:10.18129 / B9.bioc.diffHic

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅diffHic。

微分Analyis高c数据

Bioconductor版本:3.10

检测差高c实验在生物条件的交互。方法是提供校准和数据预处理解读交互项。统计分析是基于磨边机和支持标准化和过滤。几个可视化选项也可用。

作者:亚伦Lun (aut (cre)戈登·史密斯(aut)

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“diffHic”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,聚类,报道,嗝,MultipleComparison,归一化,预处理,测序,软件
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5),GenomicRanges,InteractionSet,SummarizedExperiment
进口	Rsamtools,Rhtslib,Biostrings,BSgenome,rhdf5,刨边机,limma,csaw,locfit、方法、IRanges,S4Vectors,GenomeInfoDb,BiocGenericsgrDevices图形,统计,跑龙套,Rcpp,rtracklayer
链接	Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc,Rcpp
建议	BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805,矩阵,testthat
SystemRequirements	GNU c++ 11日
增强了
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	diffHic_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	diffHic_1.18.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	diffHic_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffHic
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ diffHic
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/diffHic/
包下载报告	下载数据