debrowser

DOI:10.18129 / B9.bioc.debrowser

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见debrowser

交互式微分表达式分析浏览器

Bioconductor版本:3.10

生物信息学平台,包含用于差异基因和区域表达研究的交互式图和表。允许以交互式和更快的方式更深入地可视化表达式数据。通过改变参数,用户可以轻松地发现数据的不同部分,这是以前从未做过的。手动创建和查看这些图需要时间。使用DEBrowser,用户无需编写任何代码就可以准备图表。现场进行了微分表达式、主成分分析和聚类分析,结果以散点图、条形图、箱形图、火山图、ma图、热图等图形式显示。

作者:Alper Kucukural < Alper。Kucukural在umassmed。edu>,Onur Yukselen , Manuel Garber

维护者:Alper Kucukural < Alper。Kucukural在umassmed。edu>

引文(从R内,输入引用(“debrowser”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("debrowser")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“debrowser”)

超文本标记语言 R脚本 DEBrowser装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews ChIPSeq聚类DifferentialExpressionGeneExpressionImmunoOncologyRNASeq测序软件
版本 1.14.2
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(4年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 R (>= 3.5.0)
进口 闪亮的jsonliteshinyjsshinydashboardshinyBSgplotsDTggplot2RColorBrewer注释AnnotationDbiDESeq2剂量igraph, grDevices,图形,统计,utils,GenomicRangesIRangesS4VectorsSummarizedExperimentstringireshape2d3heatmaporg.Hs.eg.dborg.Mm.eg.dblimma刨边机clusterProfiler、方法、股东价值分析RCurlenrichplotcolourpicker情节的热图哈曼pathview
链接
建议 testthatrmarkdownknitrR.rsp
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/UMMS-Biocore/debrowser
BugReports https://github.com/UMMS-Biocore/debrowser/issues/new
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 debrowser_1.14.2.tar.gz
Windows二进制 debrowser_1.14.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) debrowser_1.14.2.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/debrowser
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/debrowser
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/debrowser/
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