CustomProdb

doi：10.18129/b9.bioc.customprodb

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅CustomProdb。

从NGS数据中生成定制的蛋白质数据库，重点是RNA-seq数据，用于蛋白质组学搜索

生物导体版本：3.10

数据库搜索是基于质谱的蛋白质组学研究中最广泛使用的肽和蛋白质鉴定方法。我们先前的研究表明，从RNA-seq数据得出的样品特异性蛋白数据库可以更好地近似样品中的实际蛋白质池，从而改善蛋白质鉴定。更重要的是，从RNA-Seq数据中确定的单核苷酸变化，短插入和缺失以及新的连接使蛋白质数据库更完整和特定于样品。在这里，我们报告了一个R软件包自定义Prodb，该b toduprodb可以从RNA-seq数据中轻松地生成用于蛋白质组学搜索的自定义数据库。这项工作桥接了基因组学和蛋白质组学研究，并促进了跨词的数据整合。

作者：王王

维护者：xiaojing wang bo wen

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ castureprodb”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ customprodb”）

PDF	R脚本	CustomProdb简介
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	替代方案，，，，功能基因组学，，，，免疫学，，，，质谱，，，，蛋白质组学，，，，rnaseq，，，，SNP，，，，测序，，，，软件，，，，转录
版本	1.26.1
在生物导体中	Bioc 2.13（R-3.0）（6。5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.0.1），iranges，，，，AnnotationDbi，，，，Biomart（> = 2.17.1）
进口	S4VECTORS（> = 0.9.25），DBI，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，rsamtools（> = 1.10.2），基因组签名，，，，生物弦（> = 2.26.3），GenomicFeatures（> = 1.32.0），Stringr，，，，rcurl，，，，plyr，，，，变体（> = 1.13.44），rtracklayer，，，，rsqlite，，，，Ahocorasicktrie， 方法
链接
建议	rmariaDB，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我	PGA
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	customProdb_1.26.1.tar.gz
Windows二进制	customProdb_1.26.1.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	customProdb_1.26.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/customprodb
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/customprodb
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/customprodb/
软件包下载报告	下载统计