CSAW

doi:10.18129/b9.bioc.csaw

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅CSAW

用窗户分析的芯片序列分析

生物导体版本:3.10

通过滑动窗口检测芯片序列数据中的差异结合区域,并采用用于标准化和适当的FDR控制的方法。

作者:Aaron Lun [AUT,CRE],Gordon Smyth [aut]

维护者:aaron lun

引用(从r内,输入引用(“ CSAW”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ csaw”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ CSAW”)

html R脚本 介绍
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 注解,,,,chipseq,,,,覆盖范围,,,,差异词,,,,遗传学,,,,多重组合,,,,正常化,,,,测序,,,,软件
版本 1.20.0
在生物导体中 Bioc 3.0(R-3.1)(5。5年)
执照 GPL-3
要看 基因组机,,,,总结性特征
进口 RCPP,,,,生物基因,,,,rsamtools,,,,EDGER,,,,林玛,,,,GenomicFeatures,,,,AnnotationDbi, 方法,S4VECTORS,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,统计生物比较,UTILS
链接 Rhtslib,,,,Zlibbioc,,,,RCPP
建议 org.mm.eg.db,,,,txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene,,,,测试,,,,基因组签名,,,,尼特,,,,生物使用,,,,rmarkDown,,,,生物管理器
系统要求 C ++ 11,GNU制作
增强
URL
取决于我
进口我 Diffhic,,,,冰茶,,,,NADFINDER,,,,瓦肯
建议我 chipseqdb,,,,csawusersguide,,,,tximport
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 csaw_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 CSAW_1.20.0.ZIP(32-和64位)
Mac OS X 10.11(El Capitan) CSAW_1.20.0.TGZ
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/csaw
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/csaw
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/csaw/
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