crossmeta

DOI:10.18129 / B9.bioc.crossmeta

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅crossmeta。

跨平台的微阵列数据的荟萃分析

Bioconductor版本:3.10

实现跨平台和跨物种的荟萃分析Affymentrix Illumina公司,和安捷伦微阵列数据。这个包自动化常见任务下载等规范,注释原始地理数据。用户选择控制和治疗样品为了执行微分表达式/通路分析比较。分析每个对比是分开后,用户可以选择组织来源为每个对比和指定任何组织应该为随后的分组荟萃分析的来源。最后,效果和途径荟萃分析结果以图形方式进行探索。

作者:亚历克斯·皮克林

维护人员:亚历克斯·皮克林< alexvpickering gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“crossmeta”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“crossmeta”)

HTML	R脚本	crossmeta装饰图案
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	注释,BatchEffect,DifferentialExpression,GUI,GeneExpression,微阵列,OneChannel,预处理,软件,TissueMicroarray,转录
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(3.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5)
进口	affy(> = 1.52.0),affxparser(> = 1.46.0),AnnotationDbi(> = 1.36.2),Biobase(> = 2.34.0),BiocGenerics(> = 0.20.0),BiocManager(> = 1.30.4),ccmap,DT(> = 0.2),DBI(> = 1.0.0),data.table(> = 1.10.4),doParallel(> = 1.0.10),doRNG(> = 1.6),foreach(> = 3),fdrtool(> = 1.2.15),ggplot2(> = 2.2.1),GEOquery(> = 2.40.0),limma(> = 3.30.13),matrixStats(> = 0.51.0),metaMA(> = 3.1.2)metap(> = 0.8),miniUI(> = 0.1.1),益生元(> = 1.38.0),情节(> = 4.5.6),重塑(> = 0.8.6),读者(> = 1.0.6),RColorBrewer(> = 1.1.2),RCurl(> = 1.95.4.11),RSQLite(> = 2.1.1)rdrop2(> = 0.7.0),stringr(> = 1.2.0),股东价值分析(> = 3.22.0),闪亮的(> = 1.0.0),数据(> = 3.3.3),XML(> = 3.98.1.17)
链接
建议	knitr,rmarkdown,lydata,org.Hs.eg.db,testthat,ccdata
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	ccmap
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	crossmeta_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	crossmeta_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	crossmeta_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crossmeta
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ crossmeta
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/crossmeta/
包下载报告	下载数据