crlmm

DOI:10.18129 / B9.bioc.crlmm

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅crlmm。

基因型(CRLMM)和拷贝数分析工具呼吁Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina公司数组

Bioconductor版本:3.10

更快的实现CRLMM特定于SNP 5.0和6.0数组,以及拷贝数工具具体到5.0,6.0,和Illumina公司平台。

作者:Benilton卡瓦略,罗伯特•Scharpf马特•里奇Ingo Ruczinski,拉斐尔•伊

在由维护者:Benilton年代卡瓦略< Benilton。br >,罗伯特Scharpf < rscharpf jhsph.edu >,马特·里奇在wehi.EDU.AU > < mritchie

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“crlmm”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“crlmm”)

PDF		拷贝数估计
PDF		crlmm装饰图案,下游分析
PDF	R脚本	crlmm装饰图案——基因分型
PDF		基础设施进行拷贝数分析
PDF		拷贝数小品文的概述
PDF		预处理和pcr Illumina公司数组的拷贝数分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,微阵列,预处理,单核苷酸多态性,软件
版本	1.44.0
Bioconductor自	BioC 2.4 (r - 2.9)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.14.0),oligoClasses(> = 1.21.12),preprocessCore(> = 1.17.7)
进口	方法,Biobase(> = 2.15.4),BiocGenerics,affyio(> = 1.23.2),illuminaio,椭圆,mvtnorm样条函数、统计数据SNPchip跑龙套,晶格,ff,foreach,RcppEigen(> = 0.3.1.2.1),matrixStats,VGAM、并行、图形limma,beanplot
链接	preprocessCore(> = 1.17.7)
建议	hapmapsnp6,genomewidesnp6Crlmm(> = 1.0.7),GGdata,snpStats,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	VanillaICE
建议我	ArrayTV,hapmap370k,oligoClasses,SNPchip
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	crlmm_1.44.0.tar.gz
Windows二进制	crlmm_1.44.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	crlmm_1.44.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crlmm
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ crlmm
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/crlmm/
包下载报告	下载数据