consensusDE

DOI:10.18129 / B9.bioc.consensusDE

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅consensusDE。

使用多个RNA-seq分析算法

Bioconductor版本:3.10

这个包允许用户执行DE分析使用多个算法。它从多个方法寻求共识。目前它支持“轰”,“磨边机”和“DESeq”。它使用RUV-seq(可选),删除不需要的变异来源。

作者:阿什利·j·Waardenberg

维护人员:阿什利·j . Waardenberg <。在gmail.com waardenberg >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“consensusDE”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“consensusDE”)

HTML	R脚本	consensusDE
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,MultipleComparison,测序,软件,转录组
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5),BiocGenerics
进口	气道,AnnotationDbi,BiocParallel,Biobase,Biostrings,data.table,dendextend,DESeq2(> = 1.20.0),EDASeq,ensembldb,刨边机,EnsDb.Hsapiens.v86,GenomicAlignments,GenomicFeatures,limma,org.Hs.eg.db,pcaMethods,RColorBrewer,Rsamtools,RUVSeq,S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	consensusDE_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	consensusDE_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	consensusDE_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/consensusDE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ consensusDE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/consensusDE/
包下载报告	下载数据