consensusDE

DOI:10.18129 / B9.bioc.consensusDE

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅consensusDE

使用多个RNA-seq分析算法

Bioconductor版本:3.10

这个包允许用户执行DE分析使用多个算法。它从多个方法寻求共识。目前它支持“轰”,“磨边机”和“DESeq”。它使用RUV-seq(可选),删除不需要的变异来源。

作者:阿什利·j·Waardenberg

维护人员:阿什利·j . Waardenberg <。在gmail.com waardenberg >

从内部引用(R,回车引用(“consensusDE”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“consensusDE”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“consensusDE”)

HTML R脚本 consensusDE
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类,MultipleComparison,测序,软件,转录组
版本 1.4.0
Bioconductor自 BioC 3.8 (r - 3.5)(1.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.5),BiocGenerics
进口 气道,AnnotationDbi,BiocParallel,Biobase,Biostrings,data.table,dendextend,DESeq2(> = 1.20.0),EDASeq,ensembldb,刨边机,EnsDb.Hsapiens.v86,GenomicAlignments,GenomicFeatures,limma,org.Hs.eg.db,pcaMethods,RColorBrewer,Rsamtools,RUVSeq,S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,跑龙套
链接
建议 knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 consensusDE_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 consensusDE_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) consensusDE_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/consensusDE
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ consensusDE
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/consensusDE/
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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网