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compcodeR
DOI:10.18129 / B9.bioc.compcodeR
这个包是版本3.10的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见compcodeR．
RNAseq数据仿真、差异表达分析及差异表达方法性能比较
Bioconductor版本:3.10
该软件包提供了广泛的功能，用于比较不同方法获得的RNAseq数据差异表达分析结果。它还包含用于模拟计数数据的函数和用于执行差分表达式分析的几个包的接口。
作者:夏洛特·索森[作家，作家]
维护:Charlotte Soneson < charlottesonon@gmail.com >
引用(来自R，输入引用(“compcodeR”)）：
安装
要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("compcodeR")
对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:
browseVignettes(“compcodeR”)
| R脚本 | compcodeR | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression，ImmunoOncology，RNASeq，软件 |
| 版本 | 1.22.0 |
| 在Bioconductor中 | BioC 2.14 (R-3.1)(6年) |
| 许可证 | GPL (>= 2) |
| 取决于 | R (>= 3.0.2)，sm |
| 进口 | tcltk,knitr(> = 1.2),减价，ROCR，晶格(> = 0.16),gplots，gtools，gdata，caTools、网格KernSmooth，质量，ggplot2，stringr，模式，刨边机，limma，vioplot、方法 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，EBSeq，DESeq，DESeq2(> = 1.1.31),baySeq(> = 2.2.0),genefilter，NOISeq，移行细胞癌，NBPSeq(> = 0.3.0) |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | rpanel，DSS |
| URL | |
| 这取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在您的R会话中使用此包的说明。
| 源包 | compcodeR_1.22.0.tar.gz |
| Windows二进制 | compcodeR_1.22.0.zip(32- & 64位) |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | compcodeR_1.22.0.tgz |
| 源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/compcodeR |
| 源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/compcodeR |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/compcodeR/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
