可乐

DOI:10.18129 / B9.bioc.cola

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅可乐

一个共识分区的框架

Bioconductor版本:3.10

子群分类是基因组数据分析的基本任务,尤其是对基因表达和DNA甲基化数据分析。它也可以被用来测试已知的临床协议注释,或测试是否存在重大的批处理影响。可乐包提供了一个通用框架群分类一致通过分区。它具有以下特点:1。它模块化共识分区过程,各种方法可以轻松集成。2。它提供了丰富的可视化解释结果。3所示。它允许同时运行多个方法,并提供功能直接比较结果。4所示。 It provides a new method to extract features which are more efficient to separate subgroups. 5. It generates detailed reports for the complete analysis.

作者:Zuguang顾

维护人员:Zuguang顾< z。顾在dkfz.de >

从内部引用(R,回车引用(“可乐”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“可乐”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“可乐”)

HTML R脚本 1。一个快速启动的可乐包
HTML R脚本 2。可乐:框架共识分区
HTML R脚本 3所示。自动功能富集特征基因
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 分类,聚类,GeneExpression,软件
版本 1.2.1 "
Bioconductor自 BioC 3.9 (r - 3.6)(1年)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于 R (> = 3.6.0)
进口 grDevices、图形、网格数据,跑龙套,ComplexHeatmap(> = 2.0.0),matrixStats,GetoptLong,circlize(> = 0.4.7),GlobalOptions(> = 0.1.0),线索平行,RColorBrewer,集群,skmeans,png,mclust,蜡笔、方法、xml2,微基准测试,httr,knitr,减价,消化,嫁祸于,酿造,Rcpp(> = 0.11.0)它,BiocGenerics,eulerr
链接 Rcpp
建议 genefilter,mvtnorm,testthat(> = 0.3),data.tree,dendextend,samr,pamr,kohonen,NMF,WGCNA,Rtsne,umap,clusterProfiler,ReactomePA,剂量,AnnotationDbi,gplots,hu6800.db
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/jokergoo/colahttps://jokergoo.github.io/cola_collection/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 cola_1.2.1.tar.gz
Windows二进制 cola_1.2.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) cola_1.2.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cola
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/可乐
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/cola/
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