Cogena

doi：10.18129/b9.bioc.cogena

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅Cogena。

共表达基因元素富集分析

生物导体版本：3.10

Cogena是共表达基因富集分析的工作流程。它的目的是发现较小的量表，但可能具有很大的生物学相关性相关的细胞事件。提出了一种基于Cogena工作流程的药物发现和药物重新定位的新型管道。特别是，可以根据疾病相关数据的基因表达来预测候选药物，也可以根据药物相关数据的基因表达来鉴定其他类似药物。此外，可以通过相关途径分析披露药物的作用方式。总之，Cogena是用于共表达基因的各种基因集富集分析的灵活工作流程，重点是途径/GO分析和药物重新定位。

作者：Zhilong Jia [AUT，CRE]，Michael Barnes [AUT]

维护者：gmail.com上的jhilong jia

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ cogena”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Cogena”）

PDF	R脚本	Cogena，一种共表达基因富集分析的工作流程
html	R脚本	Cogena：共表达基因富集分析的工作流程
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	聚类，，，，DataImport，，，，datarepresentation，，，，去，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，kegg，，，，微阵列，，，，途径，，，，测序，，，，软件，，，，系统生物学，，，，可视化
版本	1.20.0
在生物导体中	Bioc 3.1（R-3.2）（5年）
执照	LGPL-3
要看	r（> = 3.5.0），簇，，，，GGPLOT2，，，，Kohonen
进口	方法，班级，，，，GPLOTS，，，，mclust，，，，一张地图，，，，APCLUSTER，，，，foreach， 平行，多帕尔，，，，快速积分，，，，Corrplot，，，，Biwt，，，，生物酶，，，，RESHAPE2，，，，dplyr，，，，DevTools
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	https://github.com/zhilongjia/cogena
BugReports	https://github.com/zhilongjia/cogena/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	cogena_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	cogena_1.20.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	cogena_1.20.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cogena
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/cogena
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/cogena/
软件包下载报告	下载统计