coexnet

DOI:10.18129 / B9.bioc.coexnet

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅coexnet。

coexnet: R包来构建CO-EXpression从微阵列数据网络

Bioconductor版本:3.10

从地理数据集(提取基因表达矩阵。玻璃纸文件)作为AffyBatch对象。此外,可以使用两种不同的方法使正常化过程(vsn和rma)。总结(从multi-probe传递给一个基因)使用两个不同的标准(最大值和平均值的样本数据)表达和基因差异表达的过程analisys使用两种方法(sam和acde)。co-expression建设的网络可以使用两种不同的方法来预防,皮尔森相关系数(PCC)或互信息(MI)和使用图论的方法选择一个阈值。

作者:大卫Henao胡安(aut (cre),莉莉安娜Lopez-Kleine (aut), Andres Pinzon-Velasco (aut)

维护人员:胡安大卫Henao < judhenaosa在unal.edu.co >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“coexnet”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“coexnet”)

PDF	R脚本	标题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GraphAndNetwork,微阵列,网络,NetworkInference,归一化,软件,SystemsBiology
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(2.5年)
许可证	LGPL
取决于	R (> = 3.4)
进口	affy,siggenes,GEOquery,vsn,igraph,acde,Biobase,limma、图表、数据、跑龙套,STRINGdb,SummarizedExperiment,minet,rmarkdown
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	coexnet_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	coexnet_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	coexnet_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coexnet
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ coexnet
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/coexnet/
包下载报告	下载数据