集团

doi：10.18129/b9.bioc.cliquems

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅集团。

用于源源LC/MS代谢组学数据的同位素，加合物和碎片加合物的注释

生物导体版本：3.10

注释来自液相色谱的数据耦合到质谱（LC/MS）代谢组学实验。基于网络算法（O.Senan，A。Aguilar-Mogas，M。Navarro，O。Yanes，R.Guimerà和M. Sales-Pardo，代谢组学会议（2016年），都柏林），“ Cliquems”，建立一个加权的相似性节点是功能和边缘的网络根据此功能的相似性加权。然后，它搜索相似性网络最合理的划分到集团（完全连接的组件）。最后，它注释每个集团内的代谢物，为每个注释的代谢物获得中性质量及其特征，对应于该代谢物的同位素，电离加合物和碎片加合物。

作者：Oriol Senan Campos [AUT，CRE]，Antoni Aguilar-Mogas [aut]，Jordi Capellades [Aut]，Miriam Navarro [AUT]，Oscar Yanes [aut]，Roger Guimera [aut]，Marta Sales-Pardo [AUT]

维护者：praenoscere.com> oriol senan campos

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ cliquems”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Cliquems”）

html	R脚本	用cliquems注释LC/MS数据
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	质谱，，，，代谢组学，，，，网络，，，，网络引导，，，，软件
版本	1.0.2
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（<6个月）
执照	GPL（> = 2）
依靠	R（> = 3.6.0）
进口	RCPP（> = 0.12.15），XCMS（> = 3.0.0），MSNBase，，，，Igraph，，，，QLCMATRIX，，，，矩阵， 方法
链接	RCPP，，，，BH，，，，rcpparmadillo
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，相机
系统要求	C ++ 11
增强
URL	http://cliquems.seeslab.net
BugReports	https://github.com/osenan/cliquems/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	cliquems_1.0.2.tar.gz
Windows二进制	cliquems_1.0.2.2.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	cliquems_1.0.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cliquems
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/cliquems
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/cliquems/
软件包下载报告	下载统计