cleanUpdTSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.cleanUpdTSeq

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见cleanUpdTSeq．

该包将假定的多聚腺苷酸位点分类为true或false/内部寡核苷酸引物

Bioconductor版本:3.10

该包实现了一个朴素贝叶斯分类器，用于从基于寡核苷酸t的3 '端测序(如PAS-Seq, PolyA-Seq和RNA-Seq)中准确识别聚腺苷酸位点(pA位点)。分类器是高度准确的，优于启发式方法。

作者:Sarah Sheppard，欧建宏，Nathan Lawson，朱丽华

维护者:欧建宏<建宏。Ou在duke.edu>;朱丽华<朱丽。在umassmed.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cleanUpdTSeq”)

超文本标记语言	R脚本	cleanUpdTSeq装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation，遗传学，SequenceMatching，测序，软件
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(6.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 2.15)，BiocGenerics(>= 0.1.0)，方法，统计
进口	BSgenome，GenomicRanges，seqinr，e1071，GenomeInfoDb，IRanges跑龙套,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7
链接
建议	BiocStyle，knitr，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	InPAS
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	cleanUpdTSeq_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	cleanUpdTSeq_1.24.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	cleanUpdTSeq_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cleanUpdTSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cleanUpdTSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cleanUpdTSeq/
软件包下载报告	下载数据