chromswitch

DOI:10.18129 / B9.bioc.chromswitch

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅chromswitch。

R包检测染色质状态开关从外遗传性数据

Bioconductor版本:3.10

Chromswitch实现了一个灵活的方法来检测样品之间的染色质状态开关在两个生物条件在一个特定基因组区域感兴趣的山峰或染色质状态从ChIP-seq数据调用。

作者:《杰莎(aut (cre),克劳迪娅·l·Kleinman (aut)

维护人员:《杰莎< selinjessa gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“chromswitch”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“chromswitch”)

HTML	R脚本	介绍“chromswitch”检测染色质状态开关
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,DifferentialPeakCalling,表观遗传学,FunctionalGenomics,GeneExpression,HistoneModification,ImmunoOncology,MultipleComparison,软件,转录
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0),GenomicRanges(> = 1.26.4)
进口	集群(> = 2.0.6),Biobase(> = 2.36.2),BiocParallel(> = 1.8.2),dplyr(> = 0.5.0),gplots(> = 3.0.1)、图形、grDevicesIRanges(> = 2.4.8),lazyeval(> = 0.2.0),matrixStats(> = 0.52),magrittr(> = 1.5)、方法NMF(> = 0.20.6),rtracklayer(> = 1.36.4),S4Vectors(> = 0.23.19),统计数据,tidyr(> = 0.6.3)
链接
建议	BiocStyle,DescTools(> = 0.99.19),devtools(> = 1.13.3),GenomeInfoDb(> = 1.16.0),knitr,rmarkdown,mclust(> = 5.3),testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sjessa/chromswitch
BugReports	https://github.com/sjessa/chromswitch/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	chromswitch_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	chromswitch_1.8.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	chromswitch_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromswitch
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ chromswitch
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/chromswitch/
包下载报告	下载数据