chromstaR

DOI:10.18129 / B9.bioc.chromstaR

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅chromstaR。

组合和微分ChIP-Seq染色质状态分析数据

Bioconductor版本:3.10

这个方案实现了功能组合和ChIP-seq微分分析数据。它包括大学和多元peak-calling,出口到基因组浏览器可视文件,和功能富集分析。

作者:亚伦Taudt,玛丽亚Colome Tatche,马提亚Heinig,明安阮

维护人员:亚伦Taudt <亚伦。在gmail.com taudt >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“chromstaR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“chromstaR”)

PDF	R脚本	chromstaR用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,ChIPSeq,DifferentialPeakCalling,HiddenMarkovModel,HistoneModification,ImmunoOncology,MultipleComparison,PeakDetection,测序,软件
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3),GenomicRanges,ggplot2,chromstaRData
进口	方法、跑龙套grDevices、图形数据,foreach,doParallel,BiocGenerics(> = 0.31.6),S4Vectors,GenomeInfoDb,IRanges,reshape2,Rsamtools,GenomicAlignments,bamsignals,mvtnorm
链接
建议	knitr,BiocStyle,testthat,biomaRt
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ataudt/chromstaR
BugReports	https://github.com/ataudt/chromstaR/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	chromstaR_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	chromstaR_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	chromstaR_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromstaR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ chromstaR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/chromstaR/
包下载报告	下载数据