Chromvar

doi：10.18129/b9.bioc.chromvar

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅Chromvar。

跨区域的染色质变化

生物导体版本：3.10

确定跨注释或峰的染色质可及性的变化。主要用于单细胞或稀疏染色质可访问性数据，例如从SCATAC-SEQ或稀疏的Bulk ATAC或DNase-Seq实验。

作者：Alicia Schep [Aut，Cre]，Jason Buenrostro [CTB]，Caleb Lareau [CTB]，William Greenleaf [THS]，Stanford University [CPH]

维护者：alicia schep

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ chromvar”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Chromvar”）

html	R脚本	介绍
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	结肠管制，，，，免疫学，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件
版本	1.8.0
在生物导体中	Bioc 3.6（R-3.4）（2。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 3.4）
进口	iranges，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，GGPLOT2，，，，纳博，，，，生物比较，，，，生物基因，，，，生物弦，，，，TFBSTOOLS，，，，rsamtools，，，，S4VECTORS， 方法，RCPP， 网格，情节，，，，闪亮的，，，，miniui，统计，utils，图形，DT，，，，RTSNE，，，，矩阵，，，，总结性特征，，，，rcolorbrewer，，，，BSGENOME
链接	RCPP，，，，rcpparmadillo
建议	Jaspar2016，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，readr，，，，测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，pheatmap，，，，MotifMatchr
系统要求	C ++ 11
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	chromvar_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	chromvar_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	chromvar_1.8.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromvar
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/chromvar
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/chromvar/
软件包下载报告	下载统计