cellTree

DOI:10.18129 / B9.bioc.cellTree

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见cellTree．

作为层次树结构的单细胞RNA-seq数据的推断和可视化

Bioconductor版本:3.10

该软件包计算单细胞RNA-seq数据的潜狄利克雷分配(LDA)模型，并构建一个紧凑的树，对单个细胞之间随时间或空间的关系进行建模。

作者:David duVerle [aut, cre]， Koji Tsuda [aut]

维护者:David duVerle

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("cellTree")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cellTree”)

PDF	R脚本	推论和可视化的单细胞RNA-seq数据作为一个层次树结构
PDF		参考手册

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，CellBiology，聚类，FunctionalGenomics，去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，微阵列，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology，TimeCourse，可视化
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3)，topGO
进口	topicmodels，大满贯maptpx,igraph，xtable，gplots
链接
建议	BiocStyle，knitr，HSMMSingleCell，biomaRt，org.Hs.eg.db，Biobase、工具
SystemRequirements
增强了
URL	http://tsudalab.org
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	cellTree_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	cellTree_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	cellTree_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cellTree
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cellTree
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cellTree/
软件包下载报告	下载数据