ccrepe

DOI:10.18129 / B9.bioc.ccrepe

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ccrepe．

ccrepe_and_nc.score

Bioconductor版本:3.10

CCREPE (composition Corrected by REnormalizaion and PErmutation，组合性校正)包旨在评估组合数据集中一般相似度量的意义。例如，在微生物丰度数据中，所有微生物的丰度总和为1;CCREPE设计的目的是在为微生物之间的相似性测量分配p值时考虑到这一约束。该软件包有两个功能:ccrepe:使用数据的自举和排列矩阵，计算一个或两个身体部位的相对细菌丰度的相似性度量，p值和q值。数控。分数:基于棋盘式分数对序数数据的扩展，计算物种水平的共变和共排除模式。

作者:Emma Schwager ，Craig Bielski< Craig。bielski在gmail.com>， George Weingart< George。Weingart在gmail.com>

维护者:Emma Schwager < Emma。schwager在gmail.com>，Craig Bielski< Craig。bielski在gmail.com>， George Weingart< George。Weingart在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("ccrepe")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ccrepe”)

PDF	R脚本	ccrepe
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	生物信息学，ImmunoOncology，宏基因组，软件，统计数据
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(6年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于
进口	infotheo(> = 1.1)
链接
建议	knitr，BiocStyle，BiocGenerics，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ccrepe_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	ccrepe_1.22.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ccrepe_1.22.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ccrepe
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ccrepe
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ccrepe/
软件包下载报告	下载数据