卡斯珀

DOI:10.18129 / B9.bioc.casper

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅卡斯珀。

描述基于Paired-End可变剪接的读取

Bioconductor版本:3.10

推断出可变剪接从paired-end RNA-seq数据。跨外显子模型是基于计算路径,而不是成对外显子连接,并估计片段大小和分布non-parametrically开始,提高估计精度。

作者:大卫•Rossell卡米尔Stephan-Otto曼努埃尔Kroiss,米兰达·施托贝,维克多佩纳

维护人员:大卫Rossell < rosselldavid gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“鬼马小精灵”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“鬼马小精灵”)

PDF		DesignRNASeq.pdf
PDF	R脚本	卡斯珀图书馆手册
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录
版本	2.20.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(7年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.6.0),Biobase,IRanges、方法、GenomicRanges
进口	BiocGenerics(> = 0.31.6),coda,EBarrays,gaga,gtools,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,limma,mgcv,Rsamtools,rtracklayer,S4Vectors(> = 0.9.25),sqldf,生存,VGAM
链接
建议
SystemRequirements
增强了	平行
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	casper_2.20.0.tar.gz
Windows二进制	casper_2.20.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	casper_2.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/casper
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/卡斯珀
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/casper/
包下载报告	下载数据