BSSEQ

doi:10.18129/b9.bioc.bsseq

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅BSSEQ

分析,管理和存储Bisulfite测序数据

生物导体版本:3.10

用于分析和可视化Bisulfite测序数据的工具集合。

作者:Kasper Daniel Hansen [AUT,CRE],Peter Hickey [aut]

维护者:gmail.com上的Kasper Daniel Hansen

引用(从r内,输入引用(“ BSSEQ”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ bsseq”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ BSSEQ”)

html R脚本 用BSSEQ分析WGB数据
html R脚本 BSSEQ用户指南
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 DNAMETHYLATY,,,,软件
版本 1.22.0
在生物导体中 Bioc 2.11(R-2.15)(7。5年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 3.5),方法,生物基因,,,,基因组机(> = 1.29.14),总结性特征(> = 1.9.18)
进口 iranges(> = 2.11.16),GenomeInfodB,,,,,统计,图形,生物酶,,,,Locfit,,,,gtools,,,,Data.Table(> = 1.11.8),S4VECTORS(> = 0.23.11),r.utils(> = 2.0.0),延迟的matrixstats(> = 1.5.2),输入,,,,林玛,,,,延迟(> = 0.9.8),RCPP,,,,生物比较,,,,BSGENOME,,,,生物弦,utils,HDF5Array(> = 1.11.9),RHDF5
链接 RCPP,,,,beachmat
建议 测试,,,,BSSEQDATA,,,,生物使用,,,,rmarkDown,,,,尼特,,,,矩阵,,,,多帕尔,,,,rtracklayer,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38,,,,beachmat(> = 1.5.2),batchjobs
系统要求 C ++ 11
增强
URL https://github.com/kasperdanielhansen/bsseq
BugReports https://github.com/kasperdanielhansen/bsseq/issues
取决于我 饼干,,,,BSSEQDATA,,,,DMRSEQ,,,,DSS
进口我 dmrcate,,,,Methcp,,,,甲基接受,,,,米拉,,,,Scmeth,,,,tcgawgbsdata.hg19
建议我 Methrix,,,,组织
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 bsseq_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 bsseq_1.22.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) BSSEQ_1.22.0.TGZ
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bsseq
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/bsseq
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/bsseq/
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