biovizBase

DOI:10.18129 / B9.bioc.biovizBase

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见biovizBase．

基因组数据可视化的基本图形实用程序。

Bioconductor版本:3.10

biovizBase包旨在为基因组数据提供一套实用程序、配色方案和约定。它是生物数据可视化的各种高级包的基础。这节省了开发工作并鼓励一致性。

作者:尹腾飞[aut]， Michael Lawrence [aut, ths, cre]， Dianne Cook [aut, ths]， Johannes Rainer [ctb]

维护者:Michael Lawrence < Lawrence。Michael在gene.com>上报道

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("biovizBase")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“biovizBase”)

PDF	R脚本	biovizBase简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施，预处理，软件，可视化
版本	1.34.1
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(8.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.5.0)，方法
进口	grDevices,统计数据,尺度，Hmisc，RColorBrewer，二色视者，BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.23.19),IRanges(> = 1.99.28),GenomeInfoDb(> = 1.5.14),GenomicRanges(> = 1.23.21),SummarizedExperiment，Biostrings(> = 2.33.11),Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),GenomicFeatures(> = 1.21.19),AnnotationDbi，VariantAnnotation(> = 1.11.4),ensembldb(> = 1.99.13),AnnotationFilter(> = 0.99.8),rlang
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，BSgenome，rtracklayer，EnsDb.Hsapiens.v75，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	咖啡馆，qrqc
进口我	BubbleTree，ChIPexoQual，ggbio，Gviz，karyoploteR，Pviz，qrqc，RNAmodR，Rqc
建议我	CINdex，derfinder，derfinderPlot，R3CPET，regionReport，StructuralVariantAnnotation，TxRegInfra
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	biovizBase_1.34.1.tar.gz
Windows二进制	biovizBase_1.34.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	biovizBase_1.34.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biovizBase
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/biovizBase
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/biovizBase/
软件包下载报告	下载数据