Beadarray

DOI：10.18129 / b9.bioc.beadarray

此套餐适用于Biocumonds 3.10版;对于稳定的最新版本版本，请参阅Beadarray。

Illumina Beadarray数据的质量评估和低级分析

生物导体版本：3.10

该包能够读取由Beadscan输出的磁珠级数据（原始TIFF和文本文件）以及来自BeadStudio的珠汇总数据。提供了质量评估方法和低级分析。

作者：Mark Dunning，Mike Smith，Jonathan Cairns，Andy Lynch，Matt Ritchie

维护者：Mark Dunning

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“3.6”）并输入：

if（！properenamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“beadarray”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

Browsevignettes（“Beadarray”）

PDF.	r script.	beadarray.pdf.
PDF.	r script.	beadlevel.pdf.
PDF.	r script.	beadsummary.pdf.
PDF.	r script.	imageprocessing.pdf.pdf.
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	微阵列那oneChannel.那预处理那QualityControl.那软件
版本	2.36.1.
在生物导体中以来	BIOC 1.8（R-2.3）（14岁）
执照	mit +文件执照
依靠	r（> = 2.13.0），生物根系（> = 0.3.2），BioBase.（> = 2.17.8），六己
进口	beaddatapackr.那林马那annotationdbi.，统计数据4，重塑2.那Genomicranges.那绞喉那Illuminaio， 方法，ggplot2.
链接到
建议	lumi.那VSN.那敬服那HWRITER.那beadarrayexampledata.那illuminahumanv3.db.那格拉底那生物焦那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那GGBIO.那喷嘴那kn
系统要求
加强
URL.
取决于我	beadarrayexampledata.
进口我	ArrayqualityMetrics.那beadarrayusecases.那宝石那Epigenomix.
建议我	beadarraysnp.那blimatestingdata.那lumi.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	beadarray_2.36.1.tar.gz.
Windows二进制文件	beadarray_2.36.1.zip.（32-＆64位）
Mac OS x 10.11（El Capitan）	beadarray_2.36.1.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/beadarray.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/ beadarray
包短网址	https://biocumon.org/packages/beadarray/
包裹下载报告	下载统计信息