bamsignals

DOI:10.18129 / B9.bioc.bamsignals

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅bamsignals

从bam文件提取读计数信号

Bioconductor版本:3.10

这个包可以有效地获得计算向量从索引bam文件。重要的读取给定基因组范围和它计算读取配置文件,覆盖配置文件。它还处理paired-end数据。

作者:亚历山德罗Mammana (aut (cre),约翰内斯·赫尔穆特(aut)

维护人员:约翰内斯·赫尔穆特<约翰内斯。赫尔穆特在laborberlin.com >

从内部引用(R,回车引用(“bamsignals”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“bamsignals”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“bamsignals”)

HTML R脚本 介绍bamsignals包
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐,报道,DataImport,测序,软件
版本 1.18.0
Bioconductor自 BioC 3.1 (r - 3.2)(5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (> = 3.2.0)
进口 方法,BiocGenerics,Rcpp(> = 0.10.6),IRanges,GenomicRanges,zlibbioc
链接 Rcpp,Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc
建议 testthat(> = 0.9),Rsamtools,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements GNU使
增强了
URL https://github.com/lamortenera/bamsignals
BugReports https://github.com/lamortenera/bamsignals/issues
取决于我
进口我 AneuFinder,chromstaR,karyoploteR,normr
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 bamsignals_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 bamsignals_1.18.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) bamsignals_1.18.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bamsignals
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ bamsignals
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/bamsignals/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网