ArrayQualityMetrics

doi:10.18129/b9.bioc.ArrayqualityMetrics

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅ArrayQualityMetrics

微阵列数据集的质量指标报告

生物导体版本:3.10

该软件包生成了微阵列质量指标报告,用于生物导体微阵列数据容器中的数据(Expressionset,Nchannelset,affybatch)。支持一个和两个颜色阵列平台。

作者:奥黛丽·考夫曼(Audrey Kauffmann),沃尔夫冈·胡伯(Wolfgang Huber)

维护者:迈克·史密斯(Mike Smith)

引用(从r内,输入引用(“ arrayqualitymetrics”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ arrayqualitymetrics”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ arrayqualitymetrics”)

PDF R脚本 高级主题:自定义ArrayqualityMetrics报告和输出的程序化处理
PDF R脚本 简介:带有阵列的微阵列质量评估
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 微阵列,,,,Onechannel,,,,QualityControl,,,,报告写作,,,,软件,,,,两通道
版本 3.42.0
在生物导体中 Bioc 2.1(R-2.6)(12。5年)
执照 LGPL(> = 2)
要看
进口 副词,,,,affyplm(> = 1.27.3),Beadarray,,,,生物酶,,,,GeneFilter,图形,grdevices,网格,网格(> = 1.4-3),HMISC,,,,HWRITER,,,,格子,,,,LatticeExtra,,,,林玛, 方法,rcolorbrewer,,,,setrng,统计,utils,VSN(> = 3.23.3),XML,,,,svglite
链接
建议 allmll,,,,CCL4,,,,生物使用,,,,尼特
系统要求
增强
URL
BugReports https://github.com/grimbough/arrayqualitymetrics/issues
取决于我 Maendtoend
进口我 埃加德,,,,Knowseq
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 arrayqualitymetrics_3.42.0.tar.gz
Windows二进制 arrayqualitymetrics_3.42.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) arrayqualitymetrics_3.42.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/arrayqualitymetrics
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/arrayqualitymetrics
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/arrayqualitymetrics/
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