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annmap
DOI:10.18129 / B9.bioc.annmap
这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅annmap。
基因组注释和可视化包属于Affymetrix数组和门店分析。
Bioconductor版本:3.10
annmap提供注释映射Affymetrix外显子数组和坐标查询支持深度测序数据分析。数据库访问是隐藏在API提供了一组功能,比如genesInRange (), geneToExon (), exonDetails()等函数来绘制基因结构和BAM文件数据也提供。基础数据来自运用。
作者:蒂姆·耶茨<蒂姆。耶茨在cruk.manchester.ac.uk >
维修工:克里斯Wirth <克里斯托弗。Wirth在cruk.manchester.ac.uk >
从内部引用(R,回车引用(“annmap”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“annmap”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“annmap”)
| annmap安装指令 | ||
| annmap底漆 | ||
| Annmap Cookbook | ||
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 注释,微阵列,OneChannel,ReportWriting,软件,转录,可视化 |
| 版本 | 1.28.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.11 (r - 2.15)(7.5年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | R(> = 2.15.0)、方法GenomicRanges |
| 进口 | DBI,RMySQL(0.6 > = 0),消化,Biobase、网格晶格,Rsamtools,genefilter,IRanges,BiocGenerics |
| 链接 | |
| 建议 | RUnit,rjson,Gviz |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | http://annmap.cruk.manchester.ac.uk |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | annmap_1.28.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | annmap_1.28.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annmap |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ annmap |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/annmap/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
