affyPLM

DOI:10.18129 / B9.bioc.affyPLM

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见affyPLM．

探针级模型的拟合方法

Bioconductor版本:3.10

扩展和改进基本affy包功能的包。为了提高速度而大量使用已编译代码的例程。重点是实现用于拟合探针级模型的方法和使用这些模型的工具。基于PLM的质量评估工具。

作者:Ben Bolstad

维护者:Ben Bolstad

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("affyPLM")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“affyPLM”)

PDF	R脚本	affyPLM: mapplot函数的高级使用
PDF	R脚本	affyPLM:拟合探针水平模型
PDF	R脚本	affyPLM: Affymetrix基因芯片基于模型的质量控制评估
PDF	R脚本	affyPLM:三步函数
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列，OneChannel，预处理，质量控制，软件
版本	1.62.0
在Bioconductor	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 15年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 2.6.0)，BiocGenerics(> = 0.3.2),affy(> = 1.11.0),Biobase(> = 2.17.8),gcrma统计数据,preprocessCore(> = 1.5.1)
进口	zlibbioc，图形，grDevices，方法
链接	preprocessCore
建议	affydata，质量
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/bmbolstad/affyPLM
全靠我	RefPlus
进口我	affylmGUI，affyQCReport，arrayQualityMetrics，mimager
建议我	AffyExpress，arrayMvout，ArrayTools，BiocCaseStudies，BiocGenerics，肘，frmaTools，metahdep，钢琴
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	affyPLM_1.62.0.tar.gz
Windows二进制	affyPLM_1.62.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	affyPLM_1.62.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/affyPLM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/affyPLM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/affyPLM/
软件包下载报告	下载数据