affyPLM

DOI:10.18129 / B9.bioc.affyPLM

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见affyPLM

探针级模型的拟合方法

Bioconductor版本:3.10

扩展和改进基本affy包功能的包。为了提高速度而大量使用已编译代码的例程。重点是实现用于拟合探针级模型的方法和使用这些模型的工具。基于PLM的质量评估工具。

作者:Ben Bolstad

维护者:Ben Bolstad

引文(从R内,输入引用(“affyPLM”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("affyPLM")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“affyPLM”)

PDF R脚本 affyPLM: mapplot函数的高级使用
PDF R脚本 affyPLM:拟合探针水平模型
PDF R脚本 affyPLM: Affymetrix基因芯片基于模型的质量控制评估
PDF R脚本 affyPLM:三步函数
PDF 参考手册

细节

biocViews 微阵列OneChannel预处理质量控制软件
版本 1.62.0
在Bioconductor BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 15年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 2.6.0),BiocGenerics(> = 0.3.2),affy(> = 1.11.0),Biobase(> = 2.17.8),gcrma统计数据,preprocessCore(> = 1.5.1)
进口 zlibbioc,图形,grDevices,方法
链接 preprocessCore
建议 affydata质量
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/bmbolstad/affyPLM
全靠我 RefPlus
进口我 affylmGUIaffyQCReportarrayQualityMetricsmimager
建议我 AffyExpressarrayMvoutArrayToolsBiocCaseStudiesBiocGenericsfrmaToolsmetahdep钢琴
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 affyPLM_1.62.0.tar.gz
Windows二进制 affyPLM_1.62.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) affyPLM_1.62.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/affyPLM
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/affyPLM
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/affyPLM/
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