XBSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.XBSeq

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见XBSeq．

测试RNA-seq数据的差异表达

Bioconductor版本:3.10

我们开发了一种新的算法XBSeq，其中基于观察到的信号是真实表达信号和排序噪声的卷积的假设，建立了一个统计模型。在非外显子区域映射的读取被认为是序列噪声，它遵循泊松分布。从RNA-seq数据中给出可测量的观察信号和噪声信号，假设受负二项分布支配，可以描绘出真实的表达信号，从而准确检测差异表达基因。

作者:刘远航

维护人员:刘远航

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("XBSeq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“XBSeq”)

超文本标记语言	R脚本	用XBSeq包分析计数数据的差异表达式和用法
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，ExperimentalDesign，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件
版本	1.18.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(4.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	DESeq2， r (>= 3.3)
进口	pracma，matrixStats，locfit，ggplot2、方法、Biobase，dplyr，magrittr，咆哮
链接
建议	knitr，DESeq，rmarkdown，BiocStyle，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Liuy12/XBSeq
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	XBSeq_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	XBSeq_1.18.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	XBSeq_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/XBSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/XBSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/XBSeq/
软件包下载报告	下载数据