变体

doi：10.18129/b9.bioc.variantantation

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅变体。

遗传变异的注释

生物导体版本：3.10

注释变体，计算氨基酸编码变化，预测编码结果。

作者：Valerie Obenchain [AUT，CRE]，Martin Morgan [AUT]，Michael Lawrence [AUT]，Stephanie Gogarten [CTB]

维护者：valerie obenchain 的维护者>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ variantannotation”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“变体”）

PDF	R脚本	1.变体介绍
PDF	R脚本	2.使用FilterVCF从VCF文件中选择变体
PDF		参考手册
文本		消息
视频		读取VCF数据

细节

生物浏览	注解，，，，DataImport，，，，遗传学，，，，SNP，，，，测序，，，，软件，，，，变体
版本	1.32.0
在生物导体中	Bioc 2.9（R-2.14）（8。5年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 2.8.0），方法，生物基因（> = 0.15.3），GenomeInfodB（> = 1.15.2），基因组机（> = 1.37.4），总结性特征（> = 1.9.9），rsamtools（> = 1.99.0）
进口	utils，DBI，，，，Zlibbioc，，，，生物酶，，，，S4VECTORS（> = 0.17.24），iranges（> = 2.13.13），xvector（> = 0.19.7），生物弦（> = 2.47.6），AnnotationDbi（> = 1.27.9），rtracklayer（> = 1.39.7），BSGENOME（> = 1.47.3），GenomicFeatures（> = 1.31.3）
链接	S4VECTORS，，，，iranges，，，，xvector，，，，生物弦，，，，Rhtslib
建议	运行，，，，AnnotationHub，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp.20101109，，，，sift.hsapiens.dbsnp132，，，，sift.hsapiens.dbsnp137，，，，polyphen.hsapiens.dbsnp131，，，，snpstats，，，，GGPLOT2，，，，生物使用
系统要求	gnu做
增强
URL
取决于我	注解，，，，CGDV17，，，，CNVRD2，，，，Deepsnv，，，，ememblvep，，，，Genotypeeval，，，，Helloranges，，，，htseqgenie，，，，mtseeker，，，，myvariant，，，，polyphen.hsapiens.dbsnp131，，，，属属，，，，R453plus1toolbox，，，，Rarevariantvis，，，，稀有，，，，seqcat，，，，测序，，，，sift.hsapiens.dbsnp132，，，，sift.hsapiens.dbsnp137，，，，签名者，，，，躯体签名，，，，结构视频隔离，，，，变体滤波器，，，，变体，，，，变体工具，，，，VariantToolsData
进口我	等位基因平衡，，，，感谢，，，，不良区域，，，，BBCANALYZER，，，，Biovizbase，，，，饼干，，，，cnvfilter，，，，库务，，，，宇宙67，，，，CustomProdb，，，，Demptumor2sig，，，，多米诺骨牌效应，，，，fcscan，，，，funcisnp，，，，ga4ghclient，，，，GenBankr，，，，Genomicfiles，，，，Genvisr，，，，GGBIO，，，，ggtools，，，，GMAPR，，，，gqtlstats，，，，Gwasurvivr，，，，冰茶，，，，IGVR，，，，核粒子，，，，ldblock，，，，Madseq，，，，甲基分析，，，，mmappr2，，，，Motifbreakr，，，，mtseekerdata，，，，突变模式，，，，PGA，，，，Scoreinvhap，，，，sigspack，，，，Snphood，，，，Systempiper，，，，Titancna，，，，TVTB，，，，独立，，，，vcfarray，，，，XCIR，，，，yapsa，，，，yrimulti
建议我	AnnotationHub，，，，Ashkenazimsonchr21，，，，生物比较，，，，蜂窝监测器，，，，crisprvariants，，，，基因组机，，，，GenomicsCores，，，，geuvadistranscriptexpr，，，，Gwascat，，，，Gwastools，，，，OMICSPRINT，，，，podkat，，，，RVS，，，，Seqarray，，，，TrackViewer，，，，三人组，，，，vtpnet
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	variantAnnotation_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	variantantation_1.32.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	variantantation_1.32.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variantannotation
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/variantannotation
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/variantannotation/
软件包下载报告	下载统计