变体

doi:10.18129/b9.bioc.variantantation

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅变体

遗传变异的注释

生物导体版本:3.10

注释变体,计算氨基酸编码变化,预测编码结果。

作者:Valerie Obenchain [AUT,CRE],Martin Morgan [AUT],Michael Lawrence [AUT],Stephanie Gogarten [CTB]

维护者:valerie obenchain 的维护者>

引用(从r内,输入引用(“变体”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ variantannotation”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“变体”)

PDF R脚本 1.变体介绍
PDF R脚本 2.使用FilterVCF从VCF文件中选择变体
PDF 参考手册
文本 消息
视频 读取VCF数据

细节

生物浏览 注解,,,,DataImport,,,,遗传学,,,,SNP,,,,测序,,,,软件,,,,变体
版本 1.32.0
在生物导体中 Bioc 2.9(R-2.14)(8。5年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 2.8.0),方法,生物基因(> = 0.15.3),GenomeInfodB(> = 1.15.2),基因组机(> = 1.37.4),总结性特征(> = 1.9.9),rsamtools(> = 1.99.0)
进口 utils,DBI,,,,Zlibbioc,,,,生物酶,,,,S4VECTORS(> = 0.17.24),iranges(> = 2.13.13),xvector(> = 0.19.7),生物弦(> = 2.47.6),AnnotationDbi(> = 1.27.9),rtracklayer(> = 1.39.7),BSGENOME(> = 1.47.3),GenomicFeatures(> = 1.31.3)
链接 S4VECTORS,,,,iranges,,,,xvector,,,,生物弦,,,,Rhtslib
建议 运行,,,,AnnotationHub,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,snplocs.hsapiens.dbsnp.20101109,,,,sift.hsapiens.dbsnp132,,,,sift.hsapiens.dbsnp137,,,,polyphen.hsapiens.dbsnp131,,,,snpstats,,,,GGPLOT2,,,,生物使用
系统要求 gnu做
增强
URL
取决于我 注解,,,,CGDV17,,,,CNVRD2,,,,Deepsnv,,,,ememblvep,,,,Genotypeeval,,,,Helloranges,,,,htseqgenie,,,,mtseeker,,,,myvariant,,,,polyphen.hsapiens.dbsnp131,,,,属属,,,,R453plus1toolbox,,,,Rarevariantvis,,,,稀有,,,,seqcat,,,,测序,,,,sift.hsapiens.dbsnp132,,,,sift.hsapiens.dbsnp137,,,,签名者,,,,躯体签名,,,,结构视频隔离,,,,变体滤波器,,,,变体,,,,变体工具,,,,VariantToolsData
进口我 等位基因平衡,,,,感谢,,,,不良区域,,,,BBCANALYZER,,,,Biovizbase,,,,饼干,,,,cnvfilter,,,,库务,,,,宇宙67,,,,CustomProdb,,,,Demptumor2sig,,,,多米诺骨牌效应,,,,fcscan,,,,funcisnp,,,,ga4ghclient,,,,GenBankr,,,,Genomicfiles,,,,Genvisr,,,,GGBIO,,,,ggtools,,,,GMAPR,,,,gqtlstats,,,,Gwasurvivr,,,,冰茶,,,,IGVR,,,,核粒子,,,,ldblock,,,,Madseq,,,,甲基分析,,,,mmappr2,,,,Motifbreakr,,,,mtseekerdata,,,,突变模式,,,,PGA,,,,Scoreinvhap,,,,sigspack,,,,Snphood,,,,Systempiper,,,,Titancna,,,,TVTB,,,,独立,,,,vcfarray,,,,XCIR,,,,yapsa,,,,yrimulti
建议我 AnnotationHub,,,,Ashkenazimsonchr21,,,,生物比较,,,,蜂窝监测器,,,,crisprvariants,,,,基因组机,,,,GenomicsCores,,,,geuvadistranscriptexpr,,,,Gwascat,,,,Gwastools,,,,OMICSPRINT,,,,podkat,,,,RVS,,,,Seqarray,,,,TrackViewer,,,,三人组,,,,vtpnet
链接到我
构建报告

包装档案

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源包 variantAnnotation_1.32.0.tar.gz
Windows二进制 variantantation_1.32.0.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.11(El Capitan) variantantation_1.32.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variantannotation
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/variantannotation
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/variantannotation/
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