ToPASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.ToPASeq

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ToPASeq．

基于拓扑的RNA-seq数据通路分析

Bioconductor版本:3.10

实现基于拓扑的RNA-seq数据路径分析方法。这包括通路表型关联的拓扑分析(TAPPA;高和王，2007)，通路富集分析(PWEA;Hung等人，2010)，以及通路调节评分(PRS;易卜拉欣等人，2012)。

作者:Ivana Ihnatova, Eva Budinska, Ludwig Geistlinger

维护者:Ivana Ihnatova < Ihnatova at iba. munia .cz>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ToPASeq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ToPASeq”)

超文本标记语言	R脚本	基于拓扑的RNA-seq数据路径分析的八种方法
超文本标记语言	R脚本	基于拓扑的RNA-seq数据通路分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，NetworkEnrichment，通路，RNASeq，软件，可视化
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(5.5年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)，石墨
进口	Rcpp，图、方法、Biobase，RBGL，SummarizedExperiment，gRbase，limma，corpcor
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，气道，knitr，rmarkdown，DESeq2，DESeq，刨边机，plotrix，breastCancerVDX，EnrichmentBrowser
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ToPASeq_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	ToPASeq_1.20.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ToPASeq_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ToPASeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ToPASeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ToPASeq/
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