这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TissueEnrich。
Bioconductor版本:3.10
TissueEnrich包是用来计算组织基因的浓缩在一组输入基因。例如,用户可以输入从RNA-Seq数据最高度表达基因,或基因co-expression模块,以确定哪些组织基因丰富的数据集。组织处理RNA-Seq数据定义的基因从人类蛋白质图谱(HPA) (Uhlen et al . 2015), GTEx (Ardlie et al . 2015年),和鼠标编码(沈et al . 2012年)使用的算法HPA (Uhlen et al . 2015年)。超几何测试被用于确定输入之间的组织基因丰富的基因。随着组织基因浓缩,TissueEnrich包也可以用来定义组织基因表达数据集提供的用户,然后可以用来计算组织基因充实。
作者:阿施施Jain (aut (cre) Geetu Tuteja (aut)
维修工:阿施施Jain < Jain iastate.edu >
从内部引用(R,回车引用(“TissueEnrich”)
):
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TissueEnrich”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“TissueEnrich”)
HTML | R脚本 | TissueEnrich |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | GeneExpression,GeneSetEnrichment,测序,软件 |
版本 | 1.6.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.7 (r - 3.5)(2年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | R (> = 3.5),捍卫者(> = 1.1.0),ggplot2(> = 2.2.1),tidyr(> = 0.8.0),SummarizedExperiment(> = 1.6.5),GSEABase(> = 1.38.2) |
进口 | dplyr(> = 0.7.3),统计数据 |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | TissueEnrich_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | TissueEnrich_1.6.0.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | TissueEnrich_1.6.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TissueEnrich |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TissueEnrich |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TissueEnrich/ |
包下载报告 | 下载数据 |