TVTB

DOI:10.18129 / B9.bioc.TVTB

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TVTB。

TVTB: VCF工具箱

Bioconductor版本:3.10

包过滤提供了S4类和方法,总结和想象遗传变异VCF中存储的数据文件。特别是,包扩展了FilterRules类(S4Vectors包)来定义新闻类的过滤规则适用于各种插槽的VCF对象。功能集成,并演示了在一个闪亮的一点,闪亮的变体Explorer (tSVE)。

作者:凯文Rue-Albrecht (aut (cre)

维护人员:凯文Rue-Albrecht < kevinrue67 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TVTB”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TVTB”)

HTML	R脚本	介绍TVTB
PDF	R脚本	闪亮的变体的探险家
HTML	R脚本	VCF过滤规则
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,报道,DNASeq,DataImport,DataRepresentation,GUI,GeneticVariability,遗传学,GenomicVariation,MultipleComparison,SequenceMatching,测序,软件,VariantAnnotation,可视化,WholeGenome
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.4)、方法、效用,统计数据
进口	AnnotationFilter,BiocGenerics(> = 0.25.1),BiocParallel,Biostrings,ensembldb,ensemblVEP,GenomeInfoDb,GenomicRanges,GGally,ggplot2,Gviz,limma,IRanges(> = 2.7.1),reshape2,Rsamtools,S4Vectors(> = 0.11.11),SummarizedExperiment,VariantAnnotation(> = 1.19.9)
链接
建议	EnsDb.Hsapiens.v75(> = 0.99.7),闪亮的(> = 0.13.2.9005),DT(> = 0.1.67),rtracklayer,BiocStyle(> = 2.5.19),knitr(> = 1.12),rmarkdown,testthat,covr,老鸨
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kevinrue/TVTB
BugReports	https://github.com/kevinrue/TVTB/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TVTB_1.12.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	TVTB_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TVTB
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TVTB
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TVTB/
包下载报告	下载数据