TFutils

DOI:10.18129 / B9.bioc.TFutils

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TFutils。

TFutils

Bioconductor版本:3.10

包使用TF元数据从不同的来源。

作者:文森特•凯里(aut)什维塔Gopaulakrishnan (cre, aut)

维护人员:什维塔Gopaulakrishnan < reshg channing.harvard.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TFutils”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TFutils”)

HTML	R脚本	一个注意fimo16
HTML	R脚本	TFutils——代表TFBS和TF目标集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	软件,转录组
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	方法,dplyr,magrittr,miniUI,闪亮的,Rsamtools,GSEABase
链接
建议	knitr,data.table,testthat,AnnotationDbi,AnnotationFilter,Biobase,GenomicFeatures,GenomicRanges,Gviz,IRanges,Rsamtools,S4Vectors,org.Hs.eg.db,EnsDb.Hsapiens.v75,BiocParallel,BiocStyle,GO.db,GenomicFiles,GenomeInfoDb,SummarizedExperiment,UpSetR,ggplot2,png,gwascat,MotifDb,motifStack,RColorBrewer
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	TxRegInfra
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TFutils_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	TFutils_1.5.7.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	TFutils_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TFutils
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TFutils
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TFutils/
包下载报告	下载数据