TFBSTOOLS

doi：10.18129/b9.bioc.tfbstools

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅TFBSTOOLS。

转录因子结合位点（TFB）分析的软件包

生物导体版本：3.10

TFBStools是用于分析和操纵转录因子结合位点的包装。它包括位置频率Matirx（PFM），位置重量Matirx（PWM）和信息内容矩阵（ICM）之间的矩阵转换。它还可以从序列/对齐，查询jaspar数据库中扫描推定的TFB，并提供从头图案发现软件的包装器。

作者：Ge Tan [AUT，CRE]

维护者：ge tan

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ tfbstools”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ TFBStools”）

html	R脚本	带有“ TFBSTOOLS”包的转录因子结合位点（TFB）分析
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	结盟，，，，结肠管制，，，，图案，，，，主题，，，，软件，，，，转录
版本	1.24.0
在生物导体中	Bioc 2.13（R-3.0）（6。5年）
执照	GPL-2
要看	r（> = 3.2.2）
进口	生物酶（> = 2.28），生物弦（> = 2.36.4），生物基因（> = 0.14.0），生物比较（> = 1.2.21），BSGENOME（> = 1.36.3），表情（> = 1.17.1），CNER（> = 1.4.0），dirichletmultinomial（> = 1.10.0），GenomeInfodB（> = 1.6.1），基因组机（> = 1.20.6），gtools（> = 3.5.0），网格，iranges（> = 2.2.7），方法，DBI（> = 0.6），rsqlite（> = 1.0.0），rtracklayer（> = 1.28.10），seqlogo（> = 1.34.0），S4VECTORS（> = 0.9.25），TFMPVALUE（> = 0.0.5），XML（> = 3.98-1.3），xvector（> = 0.8.0），并行
链接
建议	生物使用（> = 1.7.7），Jaspar2014（> = 1.4.0），尼特（> = 1.11），测试，，，，Jaspar2016（> = 1.0.0），Jaspar2018（> = 1.0.0）
系统要求
增强
URL	https://github.com/ge11232002/tfbstools
BugReports	https://github.com/ge11232002/tfbstools/issues
取决于我
进口我	Chromvar，，，，富集，，，，esatac，，，，母子，，，，MotifMatchr，，，，Primirtss
建议我	CageWorkFlow，，，，Jaspar2018，，，，Universalmotif
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	tfbstools_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	tfbstools_1.24.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	tfbstools_1.24.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tfbstools
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/tfbstools
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/tfbstools/
软件包下载报告	下载统计