TFBSTOOLS

doi:10.18129/b9.bioc.tfbstools

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅TFBSTOOLS

转录因子结合位点(TFB)分析的软件包

生物导体版本:3.10

TFBStools是用于分析和操纵转录因子结合位点的包装。它包括位置频率Matirx(PFM),位置重量Matirx(PWM)和信息内容矩阵(ICM)之间的矩阵转换。它还可以从序列/对齐,查询jaspar数据库中扫描推定的TFB,并提供从头图案发现软件的包装器。

作者:Ge Tan [AUT,CRE]

维护者:ge tan

引用(从r内,输入引用(“ TFBStools”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ tfbstools”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ TFBStools”)

html R脚本 带有“ TFBSTOOLS”包的转录因子结合位点(TFB)分析
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 结盟,,,,结肠管制,,,,图案,,,,主题,,,,软件,,,,转录
版本 1.24.0
在生物导体中 Bioc 2.13(R-3.0)(6。5年)
执照 GPL-2
要看 r(> = 3.2.2)
进口 生物酶(> = 2.28),生物弦(> = 2.36.4),生物基因(> = 0.14.0),生物比较(> = 1.2.21),BSGENOME(> = 1.36.3),表情(> = 1.17.1),CNER(> = 1.4.0),dirichletmultinomial(> = 1.10.0),GenomeInfodB(> = 1.6.1),基因组机(> = 1.20.6),gtools(> = 3.5.0),网格,iranges(> = 2.2.7),方法,DBI(> = 0.6),rsqlite(> = 1.0.0),rtracklayer(> = 1.28.10),seqlogo(> = 1.34.0),S4VECTORS(> = 0.9.25),TFMPVALUE(> = 0.0.5),XML(> = 3.98-1.3),xvector(> = 0.8.0),并行
链接
建议 生物使用(> = 1.7.7),Jaspar2014(> = 1.4.0),尼特(> = 1.11),测试,,,,Jaspar2016(> = 1.0.0),Jaspar2018(> = 1.0.0)
系统要求
增强
URL https://github.com/ge11232002/tfbstools
BugReports https://github.com/ge11232002/tfbstools/issues
取决于我
进口我 Chromvar,,,,富集,,,,esatac,,,,母子,,,,MotifMatchr,,,,Primirtss
建议我 CageWorkFlow,,,,Jaspar2018,,,,Universalmotif
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 tfbstools_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 tfbstools_1.24.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) tfbstools_1.24.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tfbstools
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/tfbstools
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/tfbstools/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • 正常词 邮件列表 - 包装开发人员bob电竞体育官网