TCGAutils

DOI:10.18129 / B9.bioc.TCGAutils

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见TCGAutils．

用于数据管理的TCGA实用函数

Bioconductor版本:3.10

一套辅助函数，用于检查和操作TCGA数据，包括从curatedTCGAData实验包中获得的数据。这些函数旨在简化TCGA数据并使其更易于管理。

作者:Marcel Ramos [aut, cre]， Lucas Schiffer [aut]， Sean Davis [ctb]， Levi Waldron [aut]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramos在roswellpark.org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("TCGAutils")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TCGAutils”)

超文本标记语言	R脚本	TCGAutils必需品
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	预处理，软件，WorkflowStep
版本	1.6.2
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	AnnotationDbi，BiocGenerics，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，GenomicRanges，GenomicDataCommons，IRanges、方法、MultiAssayExperiment，RaggedExperiment(> = 1.5.7),房车，S4Vectors统计数据,stringr，SummarizedExperiment跑龙套,xml2
链接
建议	BiocFileCache，BiocStyle，curatedTCGAData，ComplexHeatmap，devtools，dplyr，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，嫁祸于，knitr，magrittr，mirbase.db，org.Hs.eg.db，RColorBrewer，readr，RTCGAToolbox(> = 2.7.5),rtracklayer，R.utils，testthat，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/TCGAutils/issues
全靠我
进口我	RTCGAToolbox
建议我	CNVRanger，curatedTCGAData，glmSparseNet
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	TCGAutils_1.6.2.tar.gz
Windows二进制	TCGAutils_1.6.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	TCGAutils_1.6.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TCGAutils
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TCGAutils
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TCGAutils/
软件包下载报告	下载数据