TCGAbiolinksGUI

DOI:10.18129 / B9.bioc.TCGAbiolinksGUI

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TCGAbiolinksGUI。

“TCGAbiolinksGUI:图形用户界面分析癌症的分子和临床数据”

Bioconductor版本:3.10

“TCGAbiolinksGUI:一个图形用户界面,分析癌症分子和临床资料。一个演示版本的GUI在https://tcgabiolinksgui.shinyapps.io/tcgabiolinks/”

作者:蒂亚戈席尔瓦Chedraoui < tiagochst gmail.com >,安东尼奥Colaprico <安东尼奥。colaprico ulb.ac。>,< Catharina奥尔森colsen ulb.ac。>,米歇尔,切蒋禄卡波特米< gbonte ulb.ac。>,本杰明·p·伯曼<本杰明。伯曼在cshs.org >, Houtan Noushmehr < houtana gmail.com >

维护者:蒂亚戈。席尔瓦< tiagochst gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TCGAbiolinksGUI”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TCGAbiolinksGUI”)

HTML	R脚本	1。介绍
HTML	R脚本	2。数据菜单
HTML		3所示。分析菜单
HTML		4所示。综合分析菜单
HTML		5。案例研究
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DNASeq,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,GUI,GeneExpression,GeneRegulation,遗传学,MethylationArray,网络,通路,测序,软件,StatisticalMethod
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(3年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.3.1),shinydashboard(> = 0.5.3),TCGAbiolinksGUI.data
进口	闪亮的(> = 0.14.1),下载器(> = 0.4)、网格DT,情节,readr,maftools,stringr(> = 1.1.0),SummarizedExperiment,ggrepel,data.table,脱字符号,shinyFiles(> = 0.6.2),ggplot2(> =魅惑,pathview,埃尔默(> = 2.0.0),clusterProfiler平行,TCGAbiolinks(> = 2.5.5),shinyjs(> = 0.7),colourpicker,芝麻,shinyBS(> = 0.61)
链接
建议	testthat,dplyr,knitr,roxygen2,devtools,房车,xml2,BiocStyle,动画,老鸨
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TCGAbiolinksGUI_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	TCGAbiolinksGUI_1.12.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	TCGAbiolinksGUI_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TCGAbiolinksGUI
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TCGAbiolinksGUI
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TCGAbiolinksGUI/
包下载报告	下载数据