TCGAbiolinks

DOI:10.18129 / B9.bioc.TCGAbiolinks

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见TCGAbiolinks

TCGAbiolinks:用于与GDC数据整合分析的R/Bioconductor包

Bioconductor版本:3.10

TCGAbiolinks的目标是:i)促进GDC开放访问数据检索,ii)使用适当的预处理策略准备数据,iii)提供进行不同标准分析的手段,iv)轻松再现早期的研究结果。更详细地说,该软件包提供了多种分析方法(例如,差异表达分析,识别差异甲基化区域)和可视化方法(例如,生存图,火山图,星爆图),以便轻松开发完整的分析管道。

作者:Antonio Colaprico, Tiago Chedraoui Silva, Catharina Olsen, Luciano Garofano, Davide Garolini, Claudia Cava, Thais Sabedot, Tathiane Malta, Stefano M. Pagnotta, Isabella Castiglioni, Michele Ceccarelli, Gianluca Bontempi, Houtan Noushmehr

维护者:Antonio Colaprico , Tiago Chedraoui Silva

引文(从R内,输入引用(“TCGAbiolinks”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("TCGAbiolinks")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“TCGAbiolinks”)

超文本标记语言 R脚本 1.简介
超文本标记语言 R脚本 10.分类器
超文本标记语言 R脚本 10.TCGAbiolinks_Extension
超文本标记语言 R脚本 2.搜索GDC数据库
超文本标记语言 R脚本 3.下载和准备文件进行分析
超文本标记语言 R脚本 4.临床数据
超文本标记语言 R脚本 5.突变的数据
超文本标记语言 R脚本 6.TCGA分子亚型的编译
超文本标记语言 R脚本 7.分析和可视化TCGA数据
超文本标记语言 R脚本 8.案例研究
超文本标记语言 R脚本 9.图形用户界面(GUI)
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DNAMethylationDifferentialExpressionDifferentialMethylationGeneExpressionGeneRegulationMethylationArray网络通路测序软件生存
版本 2.14.1
在Bioconductor BioC 3.2 (R-3.2)(4.5年)
许可证 GPL (>= 3)
取决于 R (>= 3.5)
进口 下载器(> = 0.4),survminergrDevices,dplyrgridExtra、图形、宠物猫、网格GenomicRangesXML(> = 3.98.0),data.tableEDASeq(> = 2.0.0),刨边机(> = 3.0.0),jsonlite(> = 1.0.0),plyrknitr、方法、biomaRtggplot2ggthemes生存stringr(> = 1.0.0),IRanges尺度房车(>= 0.3.0), stats, utils,selectrS4VectorsR.utilsSummarizedExperiment(> = 1.4.0),genefilterreadrRColorBrewerdoParallelGenomeInfoDbGenomicFeatures,平行,工具,tidyr股东价值分析limmapurrrxml2httr(> = 1.2.1),purrrogressggrepel(> = 0.6.3)
链接
建议 jpegpngBiocStylermarkdowndevtoolsmaftoolsparmigenec3netminetdnetBiobaseaffytestthat芝麻pathviewclusterProfilerComplexHeatmapcirclizeConsensusClusterPlusigraphTCGAbiolinksGUI.datasupraHex
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks
BugReports https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks/issues
全靠我
进口我 埃尔默miRLABMoonlightRSingscoreAMLMutationsSpidermiRTCGAbiolinksGUITCGAWorkflow
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 TCGAbiolinks_2.14.1.tar.gz
Windows二进制 TCGAbiolinks_2.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) TCGAbiolinks_2.14.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TCGAbiolinks
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TCGAbiolinks
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/TCGAbiolinks/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网