此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见TCGAbiolinks.
Bioconductor版本:3.10
TCGAbiolinks的目标是:i)促进GDC开放访问数据检索,ii)使用适当的预处理策略准备数据,iii)提供进行不同标准分析的手段,iv)轻松再现早期的研究结果。更详细地说,该软件包提供了多种分析方法(例如,差异表达分析,识别差异甲基化区域)和可视化方法(例如,生存图,火山图,星爆图),以便轻松开发完整的分析管道。
作者:Antonio Colaprico, Tiago Chedraoui Silva, Catharina Olsen, Luciano Garofano, Davide Garolini, Claudia Cava, Thais Sabedot, Tathiane Malta, Stefano M. Pagnotta, Isabella Castiglioni, Michele Ceccarelli, Gianluca Bontempi, Houtan Noushmehr
维护者:Antonio Colaprico
引文(从R内,输入引用(“TCGAbiolinks”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("TCGAbiolinks")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“TCGAbiolinks”)
超文本标记语言 | R脚本 | 1.简介 |
超文本标记语言 | R脚本 | 10.分类器 |
超文本标记语言 | R脚本 | 10.TCGAbiolinks_Extension |
超文本标记语言 | R脚本 | 2.搜索GDC数据库 |
超文本标记语言 | R脚本 | 3.下载和准备文件进行分析 |
超文本标记语言 | R脚本 | 4.临床数据 |
超文本标记语言 | R脚本 | 5.突变的数据 |
超文本标记语言 | R脚本 | 6.TCGA分子亚型的编译 |
超文本标记语言 | R脚本 | 7.分析和可视化TCGA数据 |
超文本标记语言 | R脚本 | 8.案例研究 |
超文本标记语言 | R脚本 | 9.图形用户界面(GUI) |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | TCGAbiolinks_2.14.1.tar.gz |
Windows二进制 | TCGAbiolinks_2.14.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | TCGAbiolinks_2.14.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TCGAbiolinks |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TCGAbiolinks |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TCGAbiolinks/ |
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