SummarizedBenchmark

DOI:10.18129 / B9.bioc.SummarizedBenchmark

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见SummarizedBenchmark．

类和方法，用于执行基准比较

Bioconductor版本:3.10

这个包定义了BenchDesign和SummarizedBenchmark类，用于构建、执行和评估计算方法的基准实验。SummarizedBenchmark类扩展了rangedsummarizeexperiment对象，旨在提供基础设施来存储和比较对共享数据集应用不同方法的结果。该类提供了一个集成接口来存储元数据，如方法参数和软件版本，以及基本事实(当这些可用时)和评估指标。

作者:Alejandro Reyes [aut]，帕特里克·基姆斯[aut, cre]

维护者:Patrick Kimes < Patrick。Kimes在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("SummarizedBenchmark")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SummarizedBenchmark”)

超文本标记语言	R脚本	案例研究:非r方法的基准测试
超文本标记语言	R脚本	案例研究:单细胞RNA-Seq模拟
超文本标记语言	R脚本	特点:错误处理
超文本标记语言	R脚本	特点:迭代基准测试
超文本标记语言	R脚本	特点:并行化
超文本标记语言	R脚本	SummarizedBenchmark:类详细信息
超文本标记语言	R脚本	概要基准:完整的案例研究
超文本标记语言	R脚本	SummarizedBenchmark:介绍
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细节

biocViews	基础设施，软件
版本	测试盒框
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(2年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.6)，tidyr，SummarizedExperiment，S4Vectors，BiocGenerics、方法、UpSetR，rlang，stringr跑龙套,BiocParallel，ggplot2，mclust，dplyr，消化，sessioninfo，蜡笔，宠物猫
进口
链接
建议	iCOBRA，BiocStyle，knitr，magrittr，IHW，qvalue，testthat，DESeq2，刨边机，limma，tximport，readr，scRNAseq，飞溅，嘘，rnaseqcomp，biomaRt
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/areyesq89/SummarizedBenchmark//www.anjoumacpherson.com/packages/SummarizedBenchmark/
BugReports	https://github.com/areyesq89/SummarizedBenchmark/issues
全靠我
进口我
建议我	benchmarkfdrData2019
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SummarizedBenchmark_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	SummarizedBenchmark_2.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SummarizedBenchmark_2.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SummarizedBenchmark
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SummarizedBenchmark
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SummarizedBenchmark/
软件包下载报告	下载数据