StructuralVariantAnnotation

DOI:10.18129 / B9.bioc.StructuralVariantAnnotation

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅StructuralVariantAnnotation

变异注释结构变异

Bioconductor版本:3.10

StructuralVariantAnnotation包含有用的辅助函数来处理结构性变异VCF格式。包包含函数解析vcf流行的电话以及处理断点功能涉及两个不同的基因位点编码为农庄组织对象。

作者:丹尼尔·卡梅隆(aut (cre),破坏盾(aut)

维护人员:丹尼尔卡梅隆< daniel.l。卡梅伦在gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“StructuralVariantAnnotation”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“StructuralVariantAnnotation”)

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文档

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HTML R脚本 结构变异注释包
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文本 新闻

细节

biocViews 注释,DataImport,遗传学,测序,软件,VariantAnnotation
版本 1.2.0
Bioconductor自 BioC 3.9 (r - 3.6)(1年)
许可证 GPL-3
取决于 GenomicRanges,rtracklayer,VariantAnnotation,BiocGenericsR (> = 3.6.0)
进口 为了,Biostrings,stringr,dplyr、方法、rlang
链接
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,ggplot2,devtools,testthat,roxygen2,covr,knitr,plyranges,ggbio,biovizBase,circlize,发出滴答声,GenomeInfoDb,IRanges,S4Vectors,SummarizedExperiment
SystemRequirements
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包档案

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源包 StructuralVariantAnnotation_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 StructuralVariantAnnotation_1.2.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) StructuralVariantAnnotation_1.2.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/StructuralVariantAnnotation
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ StructuralVariantAnnotation
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/StructuralVariantAnnotation/
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