蜘蛛网

doi：10.18129/b9.bioc.spidermir

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅蜘蛛网。

蜘蛛网：用于综合网络分析的R/生物通用套件与miRNA数据

生物导体版本：3.10

Spidermir的目的是：i）促进网络从GeneMania数据中从GeneMania数据中检索网络，ii）使用适当的基因命名法制备数据，iii）在特定网络中将miRNA数据整合到特定网络中，iv）提供不同的标准分析和V）允许用户可视化结果。更详细地，该软件包提供了多种查询，准备和下载网络数据（GeneMania）的方法，并与经过验证和预测的miRNA数据（Mirwalk，Mirtarbase，Mirandola，Mirandola，Miranda，Miranda，Pictar和TargetScan）集成。此外，我们还提出了一项统计检验，以使用DGIDB和Matador数据库得出的基因 - 药物相互作用来识别药物-MIR的关系。

作者：Claudia Cava，Antonio Colaprico，Alex Graudenzi，Gloria Bertoli，Tiago C. C. C. Silva，Catharina Olsen，Houtan Noushmehr，Gianluca Bontempi，Giancarlo Mauri，Isabella Castiglioniiii castiglioniii

维护者：claudia cava

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ spidermir”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“蜘蛛网”）

html	R脚本	使用蜘蛛包装
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	结肠管制，，，，网络，，，，软件，，，，mirna
版本	1.16.2
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（4年）
执照	GPL（> = 3）
要看	R（> = 3.0.0）
进口	httr，，，，Igraph，utils，统计，mirnatap，，，，mirnatap.db，，，，AnnotationDbi，，，，org.hs.eg.db，，，，GGPLOT2，，，，栅格，，，，GPLOTS，grdevices，格子，，，，LatticeExtra，，，，Visnetwork，，，，tcgabiolinks，，，，gdata，，，，Mageckflute，，，，NetworkD3
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，DevTools，，，，roxygen2
系统要求
增强
URL	https://github.com/claudiacava/spidermir
BugReports	https://github.com/claudiacava/spidermir/issues
取决于我
进口我	Starbiotrek
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	spidermir_1.16.2.tar.gz
Windows二进制	spidermir_1.16.2.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	spidermir_1.16.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spidermir
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/蜘蛛网
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/spidermir/
软件包下载报告	下载统计