空间

doi:10.18129/b9.bioc.spatialcpie

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅空间

空间转录组数据的聚类分析

生物导体版本:3.10

SpatialCPIE是一个R软件包,旨在通过提供直观的可视化来促进空间转录组数据的群集评估,以显示簇之间的关系,以指导在集群识别和其他下游应用程序中用户。该软件包是围绕一个闪亮的“小工具”构建的,以允许并行多个图和交互式UI探索数据。用户可以轻松地在不同的集群分辨率之间切换,以选择最合适的视觉提示。

作者:Joseph Bergenstraahle [AUT,CRE]

维护者:joseph bergenstraahle

引用(从r内,输入引用(“空间cpie”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ spatialcpie”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“空间cpie”)

html R脚本 空间
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 聚类,,,,rnaseq,,,,软件,,,,转录组学
版本 1.2.0
在生物导体中 Bioc 3.9(R-3.6)(1年)
执照 麻省理工学院 +文件执照
要看 R(> = 3.6)
进口 色彩空间(> = 1.3-2),Data.Table(> = 1.12.2),dplyr(> = 0.7.6),GGFORCE(> = 0.3.0),Ggiraph(> = 0.5.0),GGPLOT2(> = 3.0.0),Ggrepel(> = 0.8.0),网格(> = 3.5.1),Igraph(> = 1.2.2),lpsold(> = 5.6.13),方法(> = 3.5.0),purrr(> = 0.2.5),readr(> = 1.1.1),rlang(> = 0.2.2),闪亮的(> = 1.1.0),Shinycsssloaders(> = 0.2.0),Shinyjs(> = 1.0),闪亮的widgets(> = 0.4.8),统计(> = 3.6.0),总结性特征(> = 1.10.1),蒂布尔(> = 1.4.2),花花公子(> = 0.8.1),tidyselect(> = 0.2.4),工具(> = 3.6.0),utils(> = 3.5.0),Zeallot(> = 0.1.0)
链接
建议 生物使用(> = 2.8.2),jpeg(> = 0.1-8),尼特(> = 1.20),rmarkDown(> = 1.10),测试(> = 2.0.0)
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 spatialcpie_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 spatialcpie_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) spatialcpie_1.2.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spatialcpie
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/spatialcpie
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/spatialcpie/
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