空间

doi：10.18129/b9.bioc.spatialcpie

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅空间。

空间转录组数据的聚类分析

生物导体版本：3.10

SpatialCPIE是一个R软件包，旨在通过提供直观的可视化来促进空间转录组数据的群集评估，以显示簇之间的关系，以指导在集群识别和其他下游应用程序中用户。该软件包是围绕一个闪亮的“小工具”构建的，以允许并行多个图和交互式UI探索数据。用户可以轻松地在不同的集群分辨率之间切换，以选择最合适的视觉提示。

作者：Joseph Bergenstraahle [AUT，CRE]

维护者：joseph bergenstraahle

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ spatialcpie”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“空间cpie”）

html	R脚本	空间
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	聚类，，，，rnaseq，，，，软件，，，，转录组学
版本	1.2.0
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（1年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 3.6）
进口	色彩空间（> = 1.3-2），Data.Table（> = 1.12.2），dplyr（> = 0.7.6），GGFORCE（> = 0.3.0），Ggiraph（> = 0.5.0），GGPLOT2（> = 3.0.0），Ggrepel（> = 0.8.0），网格（> = 3.5.1），Igraph（> = 1.2.2），lpsold（> = 5.6.13），方法（> = 3.5.0），purrr（> = 0.2.5），readr（> = 1.1.1），rlang（> = 0.2.2），闪亮的（> = 1.1.0），Shinycsssloaders（> = 0.2.0），Shinyjs（> = 1.0），闪亮的widgets（> = 0.4.8），统计（> = 3.6.0），总结性特征（> = 1.10.1），蒂布尔（> = 1.4.2），花花公子（> = 0.8.1），tidyselect（> = 0.2.4），工具（> = 3.6.0），utils（> = 3.5.0），Zeallot（> = 0.1.0）
链接
建议	生物使用（> = 2.8.2），jpeg（> = 0.1-8），尼特（> = 1.20），rmarkDown（> = 1.10），测试（> = 2.0.0）
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	spatialcpie_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	spatialcpie_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	spatialcpie_1.2.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spatialcpie
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/spatialcpie
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/spatialcpie/
软件包下载报告	下载统计