SingleCellExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleCellExperiment

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SingleCellExperiment。

S4单细胞数据类

Bioconductor版本:3.10

定义了一个从单细胞实验S4类来存储数据。这包括专门的方法来存储和检索信息激增,降维的坐标和尺寸因素对于每个单元格,还是和往常一样基因和库的元数据。

作者:亚伦Lun (aut (cph),大卫。Risso (cre, aut cph],基冈Korthauer[所有],凯文Rue-Albrecht(施)

维护人员:大卫Risso < Risso。大卫。gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SingleCellExperiment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SingleCellExperiment”)

HTML	R脚本	1。介绍SingleCellExperiment类
HTML	R脚本	2。在SingleCellExperiment类发展
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文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,DataRepresentation,ImmunoOncology,基础设施,SingleCell,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	SummarizedExperiment
进口	S4Vectors(> = 0.23.19)、方法BiocGenerics跑龙套,统计数据
链接
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,scRNAseq,Rtsne,矩阵
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	allenpvc,基础知识,后面;,CellBench,CellTrails,印度豹,clusterExperiment,cydar,DropletUtils,HCAData,iSEE,LoomExperiment,桅杆,MouseGastrulationData,muscData,scAlign,嘘,scGPS,schex,scPipe,食物,scRNAseq,singleCellTK,猎犬,飞溅,switchde,TENxBrainData,TENxPBMCData,TreeSummarizedExperiment,zinbwave
进口我	bayNorm,BEARscc,催化剂,ccfindR,CellMixS,CoGAPS,命运,fcoex,infercnv,LineagePulse,mbkmeans,马斯喀特,netSmooth,phemd,SC3,scBFA,scDblFinder,scDD,scds,scfind,scmap,scMerge,SCnorm,颈背,scTensor,scTGIF,激流回旋,弹弓,tradeSeq,waddR
建议我	DEsingle,DuoClustering2018,FCBF,M3Drop,phenopath,scFeatureFilter,scPCA,scRecover,simpleSingleCell,单,TabulaMurisData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SingleCellExperiment_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	SingleCellExperiment_1.8.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	SingleCellExperiment_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingleCellExperiment
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SingleCellExperiment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SingleCellExperiment/
包下载报告	下载数据