SigCheck

DOI:10.18129 / B9.bioc.SigCheck

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见SigCheck．

对照随机特征、已知特征和排列数据/元数据，检查基因特征的预后性能

Bioconductor版本:3.10

虽然基因签名经常被用于预测表型(例如预测癌症患者的预后)，但并不总是清楚它们有多理想或有意义(参见David Venet, Jacques E. Dumont和Vincent Detours的论文“大多数随机基因表达签名与乳腺癌结局显著相关”)。根据该论文中的建议，SigCheck接受一个数据集(作为一个ExpressionSet)和一个基因签名，并将其在生存和/或分类任务中的表现与a)相同长度的随机基因签名进行比较;B)已知的、相关的和不相关的基因特征;c)打乱的数据和/或元数据。

作者:Rory Stark < Rory。Stark在cruk.cam.ac.uk>而且Justin Norden

维护者:Rory Stark < Rory。Stark在cruk.cam.ac.uk>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("SigCheck")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SigCheck”)

PDF	R脚本	用SigCheck检查随机和已知的基因表达签名
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,GeneExpression,GeneSetEnrichment,软件
版本	2.18.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.2.0)，MLInterfaces,Biobase,e1071,BiocParallel,生存
进口	图形，统计，utils，方法
链接
建议	BiocStyle,breastCancerNKI,qusage
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SigCheck_2.18.0.tar.gz
Windows二进制	SigCheck_2.18.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SigCheck_2.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SigCheck
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SigCheck
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SigCheck/
软件包下载报告	下载数据