ShortRead

DOI:10.18129 / B9.bioc.ShortRead

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ShortRead．

FASTQ输入和操作

Bioconductor版本:3.10

这个包实现了FASTQ文件的采样、迭代和输入。该包包含过滤和调整读取以及生成质量评估报告的功能。数据被表示为dnastringset派生的对象，并且很容易为各种目的进行操作。该包还包含对早期单端、未封装对齐格式的遗留支持。

作者:马丁·摩根，迈克尔·劳伦斯，西蒙·安德斯

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ShortRead")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“ShortRead”)

PDF	R脚本	ShortRead的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，质量控制，测序，软件
版本	1.44.3
在Bioconductor公司	BioC 2.3 (R-2.8)(11.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics(> = 0.23.3),BiocParallel，Biostrings(> = 2.47.6),Rsamtools(> = 1.31.2),GenomicAlignments(> = 1.15.6)
进口	Biobase，S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),GenomicRanges(> = 1.31.8),hwriter、方法、zlibbioc，晶格，latticeExtra
链接	S4Vectors，IRanges，XVector，Biostrings
建议	BiocStyle，RUnit，biomaRt，GenomicFeatures，yeastNagalakshmi
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	chipseq，EatonEtAlChIPseq，EDASeq，esATAC，girafe，HTSeqGenie，NestLink，OTUbase，Rqc，segmentSeq，测序，systemPipeR
进口我	amplican，ArrayExpressHTS，basecallQC，击败，chipseq，ChIPseqR，ChIPsim，dada2，easyRNASeq，FastqCleaner，哥特，icetea，电离，MACPET，ngsReports，诊断，QuasR，R453Plus1Toolbox，RSVSim，颈背
建议我	BiocParallel，CSAR，DBChIP，GenomicAlignments，Genominator，HiCDataLymphoblast，图片，平，Repitools，Rsamtools，S4Vectors，yeastRNASeq
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ShortRead_1.44.3.tar.gz
Windows二进制	ShortRead_1.44.3.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ShortRead_1.44.3.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ShortRead
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ShortRead
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ShortRead/
软件包下载报告	下载数据