SeqSQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqSQC

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SeqSQC。

bioconductor包样本与下一代测序数据质量检查

Bioconductor版本:3.10

SeqSQC旨在识别有问题的样品在门店数据,包括与性别不匹配,样品污染,神秘的联系,人口离群值。

作者:钱氏(aut (cre)

维护人员:钱氏< qliu7 buffalo.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SeqSQC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SeqSQC”)

HTML	R脚本	样品质量检查与SeqSQC下一代测序数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	实验数据,基因组,Homo_sapiens_Data,Project1000genomes,测序数据,软件
版本	1.8.1
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4),ExperimentHub(> = 1.3.7),SNPRelate(> = 1.10.2)
进口	e1071,GenomicRanges,gdsfmt,ggplot2,GGally,IRanges、方法、rbokeh,RColorBrewer,reshape2,rmarkdown,S4Vectors统计,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,knitr,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Liubuntu/SeqSQC
BugReports	https://github.com/Liubuntu/SeqSQC/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SeqSQC_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	SeqSQC_1.8.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	SeqSQC_1.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqSQC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SeqSQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SeqSQC/
包下载报告	下载数据