SeqGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqGSEA

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SeqGSEA。

基因集富集分析(GSEA) RNA-Seq数据:积分微分表达式和拼接

Bioconductor版本:3.10

包通常提供高通量的基因集富集方法分析RNA-Seq数据通过积分微分表达式和拼接。它使用负二项分布模型读取计算数据,占测序偏见和生物变异。基于排列测试,统计显著性也可以实现对每个基因的微分表达式和拼接,分别。

作者:ξ王<ξ。王在newcastle.edu.au >

维护人员:ξ王<ξ。王在dkfz.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SeqGSEA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SeqGSEA”)

PDF	R脚本	基因集富集分析RNA-Seq SeqGSEA包数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(7年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	Biobase,doParallel,DESeq
进口	方法,biomaRt
链接
建议	easyRNASeq,GenomicRanges
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SeqGSEA_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	SeqGSEA_1.26.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	SeqGSEA_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqGSEA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SeqGSEA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SeqGSEA/
包下载报告	下载数据