SeqArray

DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqArray

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见SeqArray

大规模全基因组序列变异调用的数据管理

Bioconductor版本:3.10

数千个个体的大规模全基因组测序变异调用的数据管理:基因型数据(如snv、indes和结构变异调用)和SeqArray GDS文件中的注释以面向数组和压缩的方式存储,使用R编程语言进行高效的数据访问。

作者:郑秀文[aut, cre],斯蒂芬妮·戈加滕[aut],大卫·莱文[ctb],凯西·劳里[ctb]

维护者:郑秀文

引文(从R内,输入引用(“SeqArray”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“SeqArray”)

超文本标记语言 R脚本 R集成
超文本标记语言 R脚本 SeqArray数据格式和访问
超文本标记语言 SeqArray概述
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataRepresentation遗传学基础设施测序软件
版本 1.26.2
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(7年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.5.0),gdsfmt(> = 1.18.0)
进口 方法、并行IRangesGenomicRangesGenomeInfoDbBiostringsS4Vectors
链接 gdsfmt
建议 BiobaseBiocGenericsBiocParallelRUnitRcppSNPRelate消化蜡笔knitrRsamtoolsVariantAnnotation
SystemRequirements
增强了
URL http://github.com/zhengxwen/SeqArray
BugReports http://github.com/zhengxwen/SeqArray/issues
全靠我 SAIGEgdsSeqVarTools
进口我 GDSArray《创世纪》VariantExperiment
建议我 DelayedDataFrameVCFArray
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 SeqArray_1.26.2.tar.gz
Windows二进制 SeqArray_1.26.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) SeqArray_1.26.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqArray
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SeqArray
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SeqArray/
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